在人工卫星生活的新人类《COORDINATOR》，在认知世间开始了数十年后……
C.E.（新的宇宙历）70.02.11，地球联合（NATURAL）与Z.A.F.T.因为经济的摩檫而引起对立，正处于胶着状态，两者试图循外交手段来解决纠纷，但种种问题把两方塞在岔道中，最后终于宣布开战。
地球联合军与Z.A.F.T.之战争，已接近11个月了--在战乱中的中立国的资源卫星《HELIOPOLIS》受到Z.A.F.T.的部队突然攻击，经营二手店生意的ROU本来在寻宝时，无意间在秘密基地发现了红色的MS。原来这是大西洋联合在秘密里生产的GUNDAM……