在近未来，东京被水淹没。青之6号正在新宿一带的港口进行补给工作，准备向破坏者“桑·德古”展开反击。除此之外，6号还有一个重要任务，那就是把优秀学员速水铁带回基地。按照舰长伊贺的命令，纪之真弓来到一处大厦废墟寻访速水的下落。而此时的速水铁正过着潦倒的生活，依靠海底打捞工作为上生。纪之真弓觉得速水厌世的态度极为讨厌，但还是按照上级的指示劝说他返回总部。可是，速水铁根本没有理会真弓的劝告。纪之真弓未能成功说服速水，心灰意冷的归去。 此时，港湾正被桑·德古的机动兵器——扎利卡尼袭击。扎利卡尼把真弓一行人包围，千钧一发之际，速水出现替他们解围。 正在东京补给的青六号突然遭到了“桑·德古军”主力——幽灵舰的攻击。被迫无奈正要进行反击时，成潮号挺身而出掩护青六号的撤退，幽灵舰果然厉害，与成潮号交手不到两个回合，成潮号被击沉了…… 但是还有更糟的，安全撤退的青六号被跟踪了。桑·德古军出动了幽灵舰和大量穆斯卡向青秘密总部进发。与此同时，速水在青总部得知青舰队将对桑·德古的居住地——南极发动攻击。使用的就是青以及人类的最后武器——核弹。速水在总部遇到了胜马，胜马是速水以前的同伴，由于急剧的兽人化，已经活不久了。青舰队将根据从桑·德古总部逃出来的胜马指引，攻击发生移位的南极。 桑·德古军并未受到什么阻力迅速击溃了青总部周围的防御设施。由于事态突然青舰队还未出击便被困的总部中，速水独自驾驶古兰帕斯迎击桑·德古军，终寡不敌众古兰帕斯被击中，幸运的是速水顺利逃进了救生舱。同时青总部也被桑·德古军击破，不幸中的大幸的是青舰队只受到轻微损伤，他们将继续执行最后的攻击…… 百米高的海浪把速水乘坐的救生舱打的团团乱转，速水在这场暴风雨中挣扎着。但是最终速水被大浪卷进了大海之中，失去了知觉……在失去知觉中，速水想起了一年前与胜马在一起的事：那时，地球并未像现在这样。这时人类已经成立了“青”这一组织，但当时并不是为对付“桑·德古”军，而且正相反桑·德古是“青”系列舰艇的主要设计者，高速格斗艇“古兰帕斯”就是由桑·德古设计的。随着“青”即将建立，桑·德古脱离了“青”，并开始“两极对调”计划。从军官学校毕业的天才驾驶员速水铁在这时加入到了“青”，并担任古兰帕斯的副驾驶，胜马是正驾驶。一日，胜马与速水作为和平使者驾驶古兰帕斯去南极会见桑·德古，却意外的发现了幽灵舰，古兰帕斯被击毁，速水被胜马推进了逃生舱。此后速水被开除出了“青”。 恢复知觉的速水醒来发现自己躺在一片青基地的残骸，被他所救的妙迪奥在他身边游来游去，速水明白是妙迪奥就了他。同时，在青六号上，大家正紧张忙碌着修复舰艇。7艘中，2艘重创，1艘中创，损失不大，遗留的青将继续执行POLE SHIFT。青舰队带着载满核弹的飓风级潜艇随着胜马的带领，按从前去见桑·德古的道路，前进着。但是青六号发现了姆斯加22号，而22号不顾被击沉的危险带着速水与青会合，最后22号被击沉，速水被纪之真弓就起。速水再次决定去见桑·德古，伊贺舰长却仍然决定继续执行命令…… 在青六号众人的帮助下，速水终于带着即将死去的胜马，与纪之驾驶着古兰帕斯离开了青舰队，朝桑·德古的南极前去。同样装备了核弹的幽灵舰带着近20艘的穆斯卡，向青舰队发动总攻击，战斗一触即发。同时在胜马的引导下，速水等人很顺利的登上了移位的南极并找到了桑·德古。开始与桑·德古的对话…… 大西洋舰队的青1号沉没，桑·德古舰队也失去了几艘穆斯卡，大西洋舰队的战斗十分激烈。青六号所在的太平洋舰队的任务也不轻，他们担负了保护拥有20具核弹头的飓风级潜艇。速水等人虽没有经历这人类的生死之战，但他们与桑·德古的对话也不轻松，但是最终明白桑·德古并不是要消灭人类。相反的人类要是炸毁南极，到时两极移位将更严重，最终导致地球的爆炸。 镜头转到青六号这里，随着幽灵舰的登场，青7号被迫撤离，飓风级也由于受伤不能下潜，青舰队将以死一搏。青六号在3号的配合下，终于击毁了幽灵舰。战争也告一段落，青六号收到纪之的报告停止了发射核弹。比路克—幽灵舰的指挥，他不应该是它也是桑·德古军的指挥，逃出了炸毁的幽灵舰回到了南极，桑·德古也由于自我改造过度死亡。悲伤的比路古与速水展开搏斗，但是速水等人并不它对手，速水被打的奄奄一息，可是速水的劝说下。比路古与其它基因海底人类带着桑·德古的尸体消失在海底……