今次的故事就从这神秘的小岛开始，在小五郎的带领下，柯南一行人前往位于太平洋上的小岛“神海岛”上享受愉快的假日，蔚蓝色的大海和无限的自然风光加上自古以来流传的两个“神海岛”传说让这个小岛成为游客成群的度假圣地。兰和园子在“海底宫殿”附近的海域享受有氧潜水，少年侦探团则玩起了神海岛观光课安排的寻宝游戏。然而，觑意于传说中的财宝的宝藏猎人们也潜入了这个迷人的小岛上。兰和园子意外的遭遇到一名被鲨鱼群袭击的宝藏猎人，猎人的死是因为传说中的宝藏吗？急忙赶来的柯南发现了死亡的疑点，并和灰原一起展开了调查。
这次的舞台是太平洋上的孤岛，柯南等人毫不意外的又被卷入了奇异的杀人事件中。关于本次的标题《绀碧之棺》尚难以得出明确的解释，不过熟悉金田一的读者应该记得金田一有一部OVA名为《杀戮之绀碧岛》，关于这个岛屿有一段解释大家可以用来参考：“绀碧岛虽然小，但在冲绳群岛中却有一段古老的历史。在八重山诸岛洗传的神话里，绀碧岛上曾经住著许多神仙。昭和初期时代，所有岛上出生的人都要接受圣岛独特的洗礼，所以就算短时间离岛就学和就业，最后都一定会再回到岛上。并且绀碧岛海底也有一座神殿。”从绀碧岛的传说来看与神海岛有着部分雷同之处。标题中的“绀碧”一词应该是指代神海岛。
“神海岛”流传这两个传说，一个是沉入海底的古代遗迹“海底宫殿”，它是沉入神秘岛海域的巨大岩石建筑群，虽然研究者纷至沓来，但始终没有人能解开“海底宫殿”的秘密，另一个传说是300年前活跃在加勒比海的2名女海盗“安妮·邦尼”和“玛莉·雷德”遗留下来的财宝，据说她们乘坐的海盗船遭到英国海军的攻击时，只有她们2人勇敢的战斗。随着调查的深入，迷一般的文字“Jolie Rougu”浮出水面，宝藏的秘密近在眼前。然后要接近真相总要经历磨难，柯南他们找到的一部分财宝被谜一样的宝物猎人抢走了，而宝藏猎人的魔手也伸向了兰和园子，他们的目的究竟是什么？隐藏在传说中的真相是什么？隐藏在海底宫殿中的秘密又是什么？超越300年的暗号，柯南一一解明。