与以往的动画电影照搬原著不同，《风云决》将漫画《风云》的内容有所删改，根据其中步惊云失忆之事扩展而成，讲述了风、云阻止傲决野心的故事。虽然整部电影仍以主角聂风、步惊云的恩怨情仇为主体，但也加入了新角色及新内容，如风、云邂逅另一半的过程等。
拜剑山庄为天下铸剑第一庄，因受皇帝误会谋反而被诛灭，少庄主傲决逃命西域以保一脉。傲决父亲临终前透露傲家祖传有一把灭绝神器“决”尚未炼成，原因是此剑需要异兽火麒麟之血开封，可惜火麒麟已于世上消失。傲决长期压抑着仇恨之火隐居西域，静侯复仇时机。
武林霸主雄霸领导的天下会一统江湖，但雄霸今日却要面对最大的挑战——他的两个徒弟聂风、步惊云，正是雄霸宿命中的两个凶星！聂风自持有家族相传之“冰心决”，为杀仇人雄霸，遂以麒麟血入魔。为免控制不住魔性，成为一头只顾杀戮、穷凶极恶的麒麟魔。风、云二人约定，一旦聂风入魔后不能自控，步惊云便会亲手了结风的性命，以免他为祸天下。结果，雄霸的死，便成为了傲决阴谋的开始，以及风、云师兄弟相残的序幕……