2029年，地中海沿岸突然出现大规模的地面下沉现象。与此同时，地面上空直径3千米的氧气消失。之后地球上其他元素氧，炭，金，钼，钴……相继消失。元素消失直接导致了森林，土地，建筑物，古代遗迹甚至是生命的灭亡。人类深感其痛，深刻的领悟到“所有的物质都是由元素构成的。”之后60年，人类数量减少到最繁盛时期的十分之一，调查研究结果得出了元素的去向。原来，消失的元素都流入了次元对面的另一个地球“ネガアース”，为了地球的兴亡，人们立刻组建了一支被成为“元素猎人”的队伍，这个队伍的全部成员都是年龄在13岁以下的孩子，因为能接近“ネガアース”的只有脑组织比成年人柔软的孩子们……