在人类和精灵共存的世界，有一个依靠精灵的力量维持的世界——POLYPHONICA。人类依靠精灵创造的奇迹生活着，而精灵则以人类弹奏的音乐为食粮发挥力量，他们相互依存，共同维系着这个奇妙的世界。在POLYPHONICA里，精灵被音乐家弹奏出的音乐操纵而发挥力量。能演奏出这种特殊音乐的音乐家被称为“神曲奏士”，他们受人推尊有着尊敬的地位。在星辉闪耀的月夜，孤儿院的屋檐底下两人邂逅了。他们是具有强大灵力的上位精灵寇缇卡露特和独孤的少年弗洛恩。“我想让你只属于我。你所描绘的灵魂只属于我——不行么？”精灵缓缓道出契约缔结的语言。这是代表着羁绊相连的神圣仪式。但是，在少年的眼里，这不过是一个奇妙的夜晚做的不可思议的梦。然而，岁月流逝，命运之轮开始转动，偶然的契机让这段深埋在月夜下的羁绊再度复苏了……