数码世界原是由三只天使管治的，可惜其中一只天使基路比兽叛变起來，令数码世界失去平衡，陷入危机。 在弟弟的生日會中，悶得發呆的神原拓也在手提电话收到一个訊息，叫他到火車站；在火車途中與上源辉二， 不知应可從去向的拓也就追着辉二，最後到了一个神秘的月台。神秘月台上有數架火車，上了火車的還有織本泉、柴山純平和冰見友樹在火車上，他們各人的手提电话竟变成了武裝暴龙机，而那架火車原來是一只数码精灵。當他們到達数码世界， 就遇上了求助的問答兽和多加兽，正逃避沙路比兽 。拓也取得了火之战魂， 並將自己武裝進化成火神兽，击退沙路比兽。這次被選中的小孩，都各自擁有自己的属性，拓也的是代表火，辉二是光， 泉是风，純平是雷，友樹是冰，他們都各自進化成代表這些属性的十鬥士数码精灵，回復数码世界的平衡。 其後故事中段，辉二再次遇上木村辉一，辉一與辉二是兩兄弟，但由於父親再婚而分隔，辉一也是十鬥士之一，所代表的属性是暗。 三天使之一的神聖天使兽也被消滅，而变回数码蛋，敷出來的巴達兽就除一同上路。 而再後期基路比兽已回復正常，可惜出現了更厉害的敵人，拓也和辉二亦不断進化，去解決数码世界被毀滅的危机...