故事的主人翁是平凡的小学三年级学生高町奈叶，和经营咖啡馆的父母，以及身为学生的哥哥和姐姐，还有关系良好的朋友们，一起过着非常普通的日常生活，却在奇妙的际遇下和“异世界的少年”相逢。从此生活都改变了，如此的相遇让奈叶得到魔法的力量，她开始帮助异世界少年寻找散落在世界上的异世界的遗产“宝石之源”，并必须将其回收。在可以自由变身成小动物和人类的异世界少年的帮助下，奈叶凭自己的资质和意志将魔法之杖具现化。凭借两种力量，来实现紧握在手中的人们的梦想，然而，为了防止伴随而来的种种危险，所以必须要回收宝石之源，并在无人知晓的情况下守护周围的和平。奈叶和异世界少年的柔和友情及羁绊。还有，与宝石之源相关各式各样的人的种种形态互相接触。原本应该是和家人以及朋友一起快乐生活的三年级学生，却要无时无刻的过着，放学后休息时间里秘密的魔法少女生活。在持续着这样的日子里，又出现了“和奈叶一样拥有魔法少女资质的敌对势力”，并且还出现了“关注着两方战斗的第三势力”，奈叶平稳的生活陷入大危机中！“所以我会尽可能地努力的...。为了将来不会后悔”高町奈叶，小学三年级学生。虽然没有运动神经，但凭着智慧与勇气以及魔法的咒文和不输于人的心境。高町奈叶，一定会努力的！