2010年，异次元的的访客[MU]一族来到地球，由于回应人类的进攻，因此爆发了“MU大战”。MU最后占据了日本的首都东京，在四周展开了巨大的防护壁将城市笼罩起来，形成被称为“TOKYO JUPITER”的包围网，令城市内时间与外界相差了12年，并通过洗脑使城市里的2300万人相信自己是地球仅存的人类。2015年，地球各国联合组成的反MU组织“TERRA”，向“TOKYO JUPITER”发动攻击，城市中被洗脑的少年神名绫人因空袭与同学失散，在他走出隧道时，他发现天空中出现了奇怪形状的巨大兵器“多力武”，在混乱中绫人被2个人用枪胁迫要他跟他们走，幸得一名叫紫东遥的神秘女子所救，在紫东遥带他离开“TOKYO JUPITER”时，由于神秘力量的作用，飞机坠落，绫人在醒后遇见了他的同学美岛玲香，在玲香的指引下来到了位于东京湾的地下神殿，在那绫人见到了一棵巨大的蛋，就在他惊疑不定时，玲香唱起了歌，她的歌声使巨蛋裂了开来，露出了里面名为Rahxephon巨型机器人，绫人在见到Rahxephon时，奇异的与它产生了共鸣，最后绫人驾驶它和紫东遥一起冲出了“TOKYO JUPITER”…… 在反MU组织“TERRA”里，绫人遇到了如迷一般的少女如月久远。由于绫人是第一次来到外面世界，情绪非常烦躁，再加上Rahxephon被地球联合军运走，所以他被关了禁闭。在他关禁闭时，MU的巨型机器人对TERRA发起了进攻，在基地的人们快抵挡不住进攻时，绫人在禁闭室里奇迹般的召唤回了被运走的Rahxephon，并用Rahxephon一举击败了MU的巨型机器人的进攻，拯救了大家，绫人因此也加入了TERRA，与MU派来的巨型机器人进行了一次次的激烈战斗……