一个徜徉在蓝色太平洋上的小岛，兰屿，岛上的原住民以捕食飞鱼为生，飞鱼，每年从海上来，为他们带来祝福与丰收。
三个自称是年轻有为的「三剑客」，避风、吉达、晴光，一个美丽沉静的都会女子，晶晶，从台北来兰屿工作，从此三剑客自以为是的浪漫生活，因为她而开始有了转变。晶晶租下了避风的「飞鱼一号」，那是岛上最拉风的敞篷车，一台从台湾搞来的报废车，她带了五支新颖的手机，要做手机收讯的讯号测试，顺便打给在台北的男友，诉说爱语；有一天她意外遗失了钱包，无法支付房租也无法回台北，避风收留晶晶到他家去住，两人朝夕相处、相互照顾，爱情慢慢地滋长，他们渐渐发现，原来爱情不是靠手机传情，而是生活在一起。
晶晶感觉在台北的男友似乎已经变心，把他送的戒指丢进大海，在找回钱包后，晶晶急著要回台北，临走前，避风把自己雕刻的一支木头的飞鱼髮簪，送给晶晶；也把晶晶丢弃的戒指还给她，「不要把不好的心情，留在大海里」，髮簪及戒指，是避风给晶晶的选择。
冬天过去，飞鱼季又将来临，随著飞鱼的到来，避风和晶晶在等待和思念的海洋里，寻找到属於自己的幸福。
等待飞鱼，也等待爱情。