圣泉学院是一家口碑非常不好的学校，随着一名潜入该学校进行调查的刑警突然死在涩谷街头，更增添了学校的恐怖气氛。这名死亡警察是因为调查在学校兴起的“Enola Gay”网站而遭遇不幸，对此，警方决定一定要将此案水落石出。
一起同母亲在纽约居住的女孩K（松浦亚弥饰）忽然被日本强制遣返到日本，并不幸被带到警事厅，让她执行一项特殊人物。在女孩K被遣返前，他的母亲（齐藤由贵饰）被美国FBI逮捕，搜查官吉良和俊（竹内力饰）告诉K，只要他成为太妹刑警就可以减少她母亲的刑期，为了母亲，少女K决定做一名潜入圣泉学院“少女刑警”——麻宫早纪，对Enola Gay”网站事件展开调查。
圣泉学院的秋山铃响秋山铃香（石川梨华饰）是一个专门欺负弱小的大姐头，为了讨好自己的大姐头，她的小妹开始欺负今野多英（冈田唯饰），幸亏早纪及时出手，才免去了多英的麻烦，就这样今野多英成了早纪在圣泉学院的第一个朋友。后来多英告诉早纪在学院里还有一个经常受秋山他们欺负的学生，这就是神田琴美（三好绘里香饰），并且琴美还在一年前以自杀的方式想要摆脱他们的纠缠，随着早纪的深入调查，一个神秘的年轻人骑村时郎（圭冢俊介饰）逐渐引起了她的注意，这时她发现了秋山的背后隐藏着一个更大的秘密。