二子玉川学园棒球部的成员们都升上三年级，球队顾问川藤老师也重回学园。2009年春，随着新学期的到来，棒球部迎来了两名新队员。一个是初中时就赫赫有名的赤星奖志。另一个是误解了平冢为了追随他才加入棒球部的滨中太阳。原以为球队会因为新血液而更有活力，谁料骄傲的赤星认为自己的目标是职业联赛没必要练高中棒球，根本不起劲；滨中在了解了平冢的真实性格后大为失望，开始闹别扭。为了保护被不良学生纠缠的赤星，御子柴腿骨骨折，肯定无法参加夏季地区预选赛了。大家在御子柴的病床立志要打入全国大赛，他们的热情感染了赤星和滨中。
二子学园队顺利度过第一轮和第二轮，准决赛上也表现出色。决赛中他们所面对的是笹高中队，该队的王牌投手川上贞治是唯一曾在初中时代击败安仁屋的强敌。在对手巧妙的策略和川上的强劲实力面前，二子学园陷入了苦战。突然若菜又发生了意外。
二子学园能够进入梦想的甲子园么？