在十七世纪的日本，一个男孩降生于贫苦的小村。他叫卡姆依，长大后成了一名拥有坚忍意志和高超剑术的忍者。渐渐地，卡姆依开始质疑忍者世界的重重陈规与无情杀戮，他脱离了忍者集团，去追寻真正的自由，就此成了叛徒遭到追杀。曾经并肩作战的同伴大头、三云对他穷追不舍，卡姆依并不想和他们做你死我活之斗，为了生存下去只得踏上逃亡之旅。
卡姆依遇到了狡猾而本性善良的渔夫半兵卫。半兵卫把卡姆依带回了家，让他大吃一惊的是，半兵卫的妻子竟然是和他一样的逃亡忍者缒流。多年前，卡姆依曾参加过追杀缒流的行动，将她逼落悬崖。缒流固执地认为卡姆依是追兵，一直伺机要将之杀死。而半兵卫的女儿沙耶香却暗暗爱上了卡姆依。由于遭人告密，半兵卫被藩主水谷军兵卫抓走即将处决。卡姆依和缒流冒险劫法场将他救了出来。
为了寻找新的立脚谋生之地，半兵卫一家和卡姆依驾船出海。他们在海上遭遇风暴，还遇到了鲨鱼群。危急时刻，解救他们的是传说中的猎鲨军团"渡众"。渡众的首领不动将卡姆依一行接上千石船，带着他们来到幸岛。卡姆伊起初并不信任渡众，在知道他们也是脱离集团的忍者后，才放下了戒心。他开始跟随不动与众人一起行动。同时，他与沙耶香也互通了心意。初次体会到了人与人之间温暖的卡姆依沉浸在幸福之中。然而美好的时光并不长久，追杀而来的忍者集团已然逼近……