清朝盛世，幼年康熙执政，大臣鰲拜聚集党羽诛杀异己，康熙成年后，为不引起內乱，只得扮作愚蒙，暗中部署实力。此时在江南，一位说书青年韦小宝，为谋生与母亲韦春花在丽春院表演，多年辛酸不为人知，幸好与情人小金鱼的恩爱，增添心头温暖。另一方面，南方志士亦组成天地会以武林高手陈近南为首，陈近南率众暗杀鰲拜失败并受伤后逃入丽春院，受到韦小宝救助。康熙为对付鰲拜，令建宁公主女扮男裝，与心腹太监海大富下江南一带找寻高手上京击杀鰲拜。
韦小宝在妓院照顾受伤的陈近南，十分仰慕他。陈近南虽对小宝的拍马屁占便宜作风不以为然，但也奇于他的急智，心知此子非池中物，允收之為徒。小宝用陈近南教他的龙爪手对付恶少大保，令小宝在小金魚面前显了威风，但也引來鰲拜爪牙血滴子前来查探，幸而小宝以智力掩饰，再加上陈近南，把血滴子杀个片甲不留。建宁公主以为小宝是武林高手，要徽他入宮，海大富虽看出小宝武功低微，但仍同意，因为他心中另有打算。小宝要了许多银两给了母亲，又向小金鱼告別，答应回来后要娶她，只是他不知，小金鱼已被父母许配给他人了。小宝进宮，误把康熙当太监与之交手，海大富怕康熙知道小宝武功低微，暗中帮助他。小宝无意中发现海大富家中有许多太监尸体，海大富才露出真面目，要小宝助他入太后慈宁宫偷一本四十二章经，否则以毒招杀之。
小宝进慈宁宮探险，才发现建宁乃女儿之身。建宁痛打小宝，才知小宝武功低微，下令海大富要在短期內教会他武功，但小宝生性懶惰，浪费了海大富一身绝学。康熙约小宝再比试武功，小宝发现他是皇帝，指自己所练武功太残忍，恐伤了龙体，反教康熙武功，唬得康熙学得十分起劲。建宁与小宝成天嬉戏，对小宝情愫与日具增。海大富对小宝下剧毒，迫小宝再偷四十二章经，不料小宝竟窥见太后出浴，太后正欲以化骨绵掌杀之，小宝以海大富所教之轻功躲过，令太后意外，此時康熙来请安，乘机救走小宝。康熙与小宝商仪，指太后三年前性格大变，疑为外人所冒，海大富又阴阳怪气，外有鰲拜跋扈，西南有吴三桂自立为王，台湾郑成功又蠢蠢欲动，要小宝助之一一解決。小宝被海大富逼偷太后的四十二章经，太后也要小宝偷御书房内的四十二章经，小宝借力使力，引发太后与海大富恶斗，二人各受重伤，齐叫小宝杀死对方，小宝不慎误伤了海大富。
海大富走火入魔，变成了疯子，日夜像吊靴鬼一样跟住小宝，小宝千辛万苦才骗了海大富跳下井中，鰲拜帶众党羽来威胁康熙，要屠杀汉人，幸小宝以伶牙俐嘴，说得鰲拜无法反驳，一怒而去。小宝与康熙知鰲拜必会捲土重來，康熙便令小宝要先杀鰲拜，小宝自知大难临头，烦恼时建宁来寻，两人嬉戏下发生关系，此后建宁刁蛮性起，管束起小宝來。
康熙召了与小宝同是马屁精的多隆，与小宝一齐商仪如何刺杀鰲拜，二人大吹法锣，康熙入世未深，完全接納。首先召鰲拜入宮，赐他毒酒，及机关陷害，再以海大富扮包公斩奸臣，无奈鰲拜刀枪不入反攻击皇上，小宝绣鰲拜，逃至太后寢宮，太后与鰲拜大战，被太后以法龙刺制住，待终人至被迫归功与小宝。小宝被康熙封为总管大太监，赐他与多隆一起抄鰲拜的家。小宝意气风发之时，却不知远在家乡的小金鱼，此时正嫁作人妇。
多隆与小宝结为兄弟，二人搜刮鰲拜不少财物。小宝更取走一本四十二章经。陈近南听说鰲拜被一小太监制服，查探后得知是小宝，陈近南十分欢喜，任命小宝为青木堂堂主，并在脚底刻上反清复明四字，又解开海大富在他身上下的毒，小宝顿感轻松。天地会钱老板突然送猪给小宝，小宝发现竟有一漂亮可人儿藏在其中，原来是沐王府郡主沐剑屏……
沐王府与天地会素有结怨，但此次沐王府前来刺杀皇帝失敗，于是嫁祸给来向建宁提亲的吴三桂之子吴应態，却被小宝识破，不但抢了沐劍屏的师姐方怡，不断戏弄两美，也用计救了行刺失败而被囚的刘一舟及师父“搖头狮子”，化解了沐王府与天地会的恩怨。鰲拜在天牢里，因琵琶骨被锁，无法运功逼出擒龙钉，暗中令人送信去给师兄大喇嘛求救。小宝为吴应熊饯行时，发现吴一手下偷了另一本四十二章经，小宝施计偷到手，再与鰲拜家的四十二章经对比，并未发现什么秘密。天地会北方总舵主胡德帝要小宝杀了鰲拜，并派侍婢双儿保护他。小宝也受皇上之托，入天牢杀鰲拜，鰲拜以秘密交换说出顺治帝未死，只是为情出家，并直指太后是假太后。大喇嘛赴天牢救鰲拜，鰲拜捉走假太后与建宁，以此要协康熙，小宝情急时遇见失踪多日的海大富，骗海大富先对付鰲拜，海大富不地敌，后胡德帝至，但也不敵，最后小宝以火枪加鞭炮杀了鰲拜。 海大富含笑而死，小宝入慈宁宮救出真太后，假太后受威胁，告诉康熙小宝是天地会的人。康熙大怒，要小宝脫鞋，看脚底是否刻有反清复明四个字，小宝脫鞋，脚底刻的是清明重阳，小宝解释是为可拜祭先人，假太后趁混乱之时逃走。康熙令小宝赴五台山清涼寺寻找先帝顺治，小宝顺道回江南探母，买下丽春院给母亲管理。小宝回乡，方知小金鱼己死，不胜唏噓。小宝赴五台山，散了钱财才问出清涼寺的去路，为求顺治帝出面，小宝三跪九叩至清涼寺，盼住持收留，以寻找出顺治帝，而后小宝找出順治帝，但喇嘛也尾随而来，欲杀顺治，幸小宝以火枪威胁，力保顺治。神龙教圣女龙儿上五台山，捉住小宝欲报昔日之仇，途中遇到二度袭击清涼寺的喇嘛，小宝用计引二路人马相杀，趁机逃出，并以鬼点子救出顺治。
顺治不肯下山还俗，小宝只好带顺治手书回來，一路上妻妾围绕，好不欢喜。但他不知方怡和沐剑屏欺骗他入神龙教范围，龙儿再捉小宝去神龙教。小宝用智谋在神龙教不但大闹一场，还得洪教主封为白龙教使，小宝方知吴三桂要利用神龙教造反。
神龙教主要小宝上京取來五本四十二章经，小宝要求龙儿随行，四人回京后，小宝呈上顺治帝的手书“永不加赋”四字给康熙，康熙便安排小宝上少林寺，竟是要小宝替康熙出家。这样不但众妻妾不能随待在侧，還要日日习武，小宝一心还俗，大闹十八铜人阵，终于溜出少林，正在大啖肉麋时，遇上美若天仙的阿珂向他打听康熙跟前红人～小桂子之事。
小宝骗阿珂入少林寺，用尽心计想逗阿珂，无奈阿珂不领情，反而渐渐厌烦小宝。原来小宝上少林寺习武是为了带十八铜人暗中保护顺治。
顺治帝与康熙终于见面，两人皆如愿。康熙送建宁至十里庭，独臂神尼行刺皇帝，此举虽败，却捉走小宝为人质，小宝再见阿珂，內心欢喜不己，不顾自己身人险境。小宝向独臂神尼自揭青木堂堂主身份，神尼大喜，款待如贵宾，但阿珂依旧看不起小宝，言谈间更显对郑成功之子郑克塽的愛慕之情。
小宝用計，日渐得到九难师太的信任，并收他为徒，成为阿珂的师弟，喇嘛追上师太，要小宝手上的四十二章经，师太一行人逃亡中，正巧碰上阿珂的心上人～郑克塽，眼看阿珂的一片倾心，小宝不是滋味，想尽法子要克塽出糗，却怎样也无法得到阿珂的好感。
看着阿珂对郑克塽的倾幕，小宝产生吃味心情，千生百计要害克塽，被克塽的师父识破。冯锡范指陈近南与胡德帝想募帝位，爆发冲突，胡德帝负伤逃走，神尼为他疗伤。康熙要小宝负责凑画建宁与吴应熊的婚事，实际上是观察吴三桂谋反之舉。不料建宁竟告訴小宝已怀了他的骨肉，小宝这下如何是好？小宝在吴三桂房里找到一本四十二章经，吴三桂父子也渐察觉小宝不是简单人物，欲趁夜放火烧他，幸小宝警觉而逃过一劫。小宝知三桂有谋反之心，处处为难。建宁为了不嫁吴应熊，竟用计伤之，诬陷应熊酒后迫奸，将伍应熊阉了，吴三桂大怒，但不敢伤害御妹，将怒气盡出小宝身上。神尼派阿珂刺杀吴三桂，被三桂捉住，面罩揭开之时，吴三桂大惊，阿珂竟与最爱的女子陈圆圆如此相似。
阿珂刺杀吴三桂失败，吴三桂一眼认出阿珂是陈圆圆的女兒，但阿珂无法接受。陈圆圆在寺庙帶发修行，知道女儿被吴三桂捉住，托小宝救助，原来陈圆圆生下阿珂后，阿珂被神尼劫走，想教她武功去杀吴三桂，不料陈圆圆说出阿珂是反贼李自成的女儿，当一干人为了国仇家恨展开撕杀时，小宝却巧妙的安排，让各位全身而退。阿珂知道自己的身世之后，沮丧之余，动身去找郑克塽。
小宝回京，告知康熙，吴三桂造反的事实，康熙与是派小宝，以火炮攻击吴三桂的助力之一～神龙教。小宝再陷两难，决定到神龙教劝降，不料神龙教主把小宝抓为人质，并打断龙儿的经脉，废其武功，龙儿及时将武功传给小宝，小宝逃出牢，用计搞乱神龙教，此时火炮轰炸，神龙教毀，但教主逃出，捉小宝、龙儿、双儿为人质，小宝再以毒汤，毒瞎教主，原以为能顺利逃走，不料双儿遭攻击，失足掉落河中。失明的神龙教主带走双儿，小宝一路追踪，终于救出双儿，但三人却受困大风雪，小宝为救受伤的双儿不惜牺牲，真情感动了龙儿，龙儿从此陷入爱河。双儿见他俩亲密狀，不禁难受，独自散心时与罗剎兵产生冲突，受到枪伤，小宝冒险入罗剎国偷解药，误撞见神龙教主勾结俄罗斯公主苏菲亚、小宝绑架苏菲亚回朝，再为大清立功。
小宝用计逼苏菲亚与清仪和，康熙因此封小宝为鹿鼎公。小宝衣锦还乡，带着妻妾们见母亲，众妻为讨好婆婆，彼此争风吃醋，却不知小宝心里仍挂记着小金鱼和阿珂。小宝的妻們明争暗斗越演越烈，小宝只得一一哄骗。某日在丽春院中郑克塽和阿珂竟然在此商量如何对付他。小宝再次戏弄克塽，终于令克塽露出贪生怕死的真面目，阿珂心碎，冯锡范与克塽攻击小宝，误伤阿珂，阿珂命在旦夕。小宝为救阿珂，返清宮向皇上要天山雪莲，真心感动了阿珂。天地会决心推翻满清，令小宝到归氏进宮，小宝努力脱逃，告诉康熙此事，不料康熙已知道小宝是天地会韦香主，两好友终于反目，归氏前来行刺康熙，小宝全力护驾。
小宝为了保护康熙身受重伤，归氏一家命丧九泉，但康熙对小宝是乱党一事耿耿与怀，下令软禁小宝，重用冯锡范去对付天地会。建宁不顾一切救出小宝和阿珂，三人逃回丽春院。到了丽春院赫然发现家圆被查封，小宝已被通辑，只得带着妻子老母打算躲到神龙教分舵。中途，七本四十二章经意外沾湿，没想到內页夹层中藏有碎羊皮，将数片羊皮拼湊后，竟然是一张藏宝图，四十二章经的秘密即在此，小宝一干人正动身前往藏宝處，不料，神龙教主突然出现……神龙教主以毒药控制小宝，逼他交出藏宝图，幸好众妻早有准备，给了教主张假地图。但教主为防万一，强押一行人往该处寻宝。途中，教主表明要娶龙儿为妻，小宝阻止不成，反遭折磨，龙儿见狀，只得答应，拧要求教主放走小宝一干人做交换条件。教主明里答应，暗里派人杀小寶灭口，小宝早己预料到，反而用计引起神龙教內乱，自己潜入教里救龙儿。
小宝用计救出了龙儿用火枪打死神龙教主，自己则成为神龙教主。小宝、龙儿、阿珂回到天地會，向胡德帝稟报神龙教叛变行为，但郑克塽在场与阿珂欲续前緣，阿珂却己无心。小宝找到龙脉藏宝处，发现该处并无宝藏。冯锡范己进行叛变，捉走阿珂威胁小宝杀吴三桂，小宝无耐之下，只得进宮面圣。康熙要求小宝要杀了吴三桂，小宝用计，骗吴三桂自投罗网，吴三桂因此丧命。小宝达成任务，要康熙放了胡德帝，兄弟为此反目；康熙原要胡德帝归春，无意刑罚，不料冯锡范以私刑废胡德帝武功。胡德帝將仅剩內力传给小宝，一干人逃至多隆家藏身，不料冯锡范尾随而至。康熙令冯锡范平定台湾，同时胡德帝正打算迁往台湾重新起义，因此与小宝、阿珂来台找郑克塽商量，沒想到郑府上下待客冷淡，夜里更打算以夜贼之名烧死胡德帝，幸而小宝机灵，权胡德帝离开；只是克塽以暗剑杀了胡德帝，忠勇过人的天地会北方总舵主于是逝世。天地会內部，许多皇帝的眼线，此時皆出面捉走郑克塽，放走韦小宝。台湾之乱就此平定，小宝也和众妻拜堂生子过了一段平静日子。
建宁公主与双儿各为小宝生儿育女，过着闲云野鶴的日子。不料，冯锡范找到小宝的下落，告诉康熙，并捉走小宝众妻妾，威胁要他除掉天地会。小宝无奈，返回天地会想计策，误打误撞成为总舵主，帶众人攻打皇城，没想到天地会被包围，众人认为小宝是天地会叛徒，小宝为洗清罪名，与康熙大打出手，并挾持康熙放走天地会人士，但小宝却來不及逃，被关入天牢受冯锡范羞辱。康熙下決心令处死小宝。康熙見小宝人头落地，內心悲痛不已。冯锡范带走小宝妻妾作家中奴婢，正调戏双儿时，小宝竟然现身，原来行刑当天，神尼与龙儿巧妙將小宝与风继中调换，因此小宝仍安然在世。冯锡范见狀要脫逃，失手杀死建宁公主，小宝也痛宰冯锡范，为民除害。康熙因为处死最好的朋友-韦小宝，內心痛苦不已，正在长城上自责，独臂神尼趁机行剌危急间，小宝现身护驾，並劝神尼化干戈为玉帛。小宝和康熙终于和好如初，但从此小宝退隱山林，过着闲云野鶴的日子。