地球已经很久没有遭受怪兽灾害的侵袭了。现在，怪兽再次复活，宇宙人袭来的时代又来临了！在突然出现的宇宙怪兽面前，特搜队“CREW GUYS”深受打击。但是无论身处何等逆境也决不放弃的地球上的青年们与梦比优斯命运地相遇了。作为重建防卫队的原动力，化身为未来队员的梦比优斯与结下深厚友情的同伴们并肩作战。接下来，经过了无数的锻炼后，他们的友情不断升华。梦比优斯奥特曼逐渐成长为“强壮”和“友善”的“真正的奥特曼”。
本作描绘了，瞄准地球的宇宙人联合（帝国星人、扎拉布星人、噶次星人、那克星人）与亚波人和奥特杀手萨乌鲁斯同奥特兄弟和梦比优斯奥特曼之间的对决。 影片一开始，时间回到20年前。奥特兄弟（初代奥特曼、赛文奥特曼、杰克奥特曼、艾斯奥特曼）与受亚人控制的奥特杀手萨乌鲁斯在宇宙中的激战。萨乌鲁斯是由被艾斯奥特曼打败的亚波人的怨念聚集而产生的怪兽。四兄弟几乎用尽全力才将其封印在神户市海底。
现在，早田（黑部进饰）在机场当机场长、诸星团（森次晃嗣饰）在农场牧羊、乡秀树（团时朗饰）在教孩子们赛车、北斗星司（高峰圭二饰）成了酒店的炊事长。奥特四兄弟们作为人类在神户平静地生活着。
探测到神户海底的异变，日比野未来（五十岚隼士饰）奉命飞往神户调查