康熙八年，四大辅臣之首索尼去世，康熙从索尼的去世中看到了机会，他决定亲政。同时为了搞清遗诏真相，康熙带着伴读曹寅，微服来到安亲王府。康熙偶遇鳌拜的女儿青格儿和明珠的儿子才华横溢的纳兰性德。康熙被青格儿的容貌吸引，但却没有表明自己的身份，结果言语间和纳兰发生了口角，欲治纳兰和青格儿罪，孝庄及时赶到，救下二人，并且钦定纳兰成为了康熙的伴读。
纳兰性德起草的神功圣德碑文令康熙非常满意，康熙将纳兰性德留在身边当侍卫。曹寅心中有了一丝嫉妒。一直对纳兰情深意长的青格儿认为纳兰应该当大学士！纳兰性德知道青格儿对他的感情，但他自己的感情却已经给了与他青梅竹马的惠儿，纳兰陷入两难的境地……
按照孝庄的密令，曹寅每天都要向孝庄密报康熙一天的情况，康熙的日益长大让孝庄很高兴，但是康熙的不安分也让孝庄的担忧……
纳兰性德的父亲明珠担心纳兰性德起草的神功圣德碑文会给全家包括皇上带来灾难，明珠要纳兰性德远走天涯，惠儿也愿意与他生死同行。
早朝上，苏克萨哈宣读奏折，正式请求皇上取消辅臣制度，乾纲独断。纳兰拿到父亲要他赶快走的纸条，却没有走，而是决定进宫。乾清宫中，孝庄的出现，使刚刚达成的平衡再度向鳌拜倾斜。匆匆赶到的纳兰性德，以“孝”字为由，使得康熙找到了为顺治立碑文的理由。孝庄和众大臣也不好反对，鳌拜提出，要严处纳兰性德，孝庄同意。青格儿为救纳兰以死相威胁，鳌拜又见康熙如此重视此事，便有所妥协，但依然主张重重惩罚……
孝庄不同意青格儿嫁给康熙，为此事孝庄与鳌拜第一次产生了正面冲突……孝庄下旨，要青格儿与福全结婚，此举使鳌拜大为沮丧，同时也遭到青格儿极为强烈的反对。
青格儿为此离家出走，遇到了惠儿，青格儿和惠儿成了好朋友，但她们知道彼此爱的是同一个人。鳌拜起了疑心，纳兰性德情急之下，找康熙帮忙，康熙将青格儿秘密送到端敏住处。青格儿离去后，纳兰性德和惠儿二人的感情出现了微妙的变化……
自从上次康熙见到了惠儿之后，一直念念不忘，数次与曹寅谈起惠儿。曹寅亲自将惠儿接到宫中，与青格儿和端敏相见。纳兰性德并未多想。康熙只要有时间就去看望三个女孩子，面对青格儿和惠儿，心情复杂。
福全无意中在端敏的住处碰见青格儿。青格儿只得说出实情，她不想嫁给福全，一向老实的福全大受刺激，他恳求孝庄取消婚约，由于鳌拜也持消极态度，结婚一事被无限期延期，而此时福全心中第一次对康熙有了恨意……
苏克萨哈劝康熙堤防鳌拜篡位。次日朝会上，苏克萨哈提出了辞呈，竟遭来鳌拜要杀他全家的祸事。按照程序，以上决定均以皇帝的旨意颁布，康熙不肯，找孝庄帮忙，孝庄要康熙不要跟鳌拜正面冲突，最终康熙向鳌拜妥协。
自那以后，康熙决定一定要搬倒鳌拜，却被鳌拜得知，鳌拜认为， 小皇帝不值得信任，为了大清江山只能换个皇帝了。鳌拜与诸王爷密商后率众人连夜进宫见孝庄。孝庄并未表示反对，只说希望待她病好后再定。众人离去后，孝庄病情加重，瘫倒在床上……值得信任，为了大清江山只能换个皇帝了。鳌拜与诸王爷密商后率众人连夜进宫见孝庄。孝庄并未表示反对，只说希望待她病好后再定。众人离去后，孝庄病情加重，瘫倒在床上……
孝庄告诉苏墨尔，真正的威胁其实并不是鳌拜，而是隐藏在他背后的那些亲贵王爷们。孝庄开始实行一系列计划，她命令索尼之子索额图秘密进宫，又单独召见纳兰性德和明珠。索额图与纳兰性德同时与康熙紧急商议对策。这过程中福全来找过康熙，并责骂他，康熙又看到昏迷的孝庄神色大乱，以至想要放弃皇位。纳兰、曹寅想方设法鼓励康熙，终于，康熙决定与鳌拜殊死一搏……
曹寅提议，以青格儿为诱饵，引鳌拜入宫。纳兰找到青格儿，青格儿危难之余还是给鳌拜写了一封信。鳌拜见到青格儿的信，鳌拜不顾班布尔善等人劝阻，当即就要进宫……
就在上书房，曹寅和索额图率众人一拥而上，却不能把“满洲第一勇士”怎样，危机一刻，康熙提刀要亲自与鳌拜以死相拼，鳌拜忽然间发现眼前的这个少年，已经不是一个不经世事少年，他已经能够把大清的江山交给康熙，而此刻只有牺牲自己才是最终成就康熙唯一办法，鳌拜放弃了抵抗，结果曾经显赫一时的鳌拜被众人用铁链将他牢牢捆住。与此同时，躺在床上的孝庄突然睁开眼，喝令苏墨尔扶自己去见康熙。正当索额图要杀鳌拜时被孝庄喝止。众人都以为孝庄要放了鳌拜，但孝庄摇摇头，表示不能放虎归山。从这一刻开始，重病初愈的孝庄象是变了一个人，冷静而果断辅佐康熙……
经过令人窒息的十二时辰，当热河如此驻军的先头部队赶到京城外时，孝庄身子一软，瘫倒在椅子上。乾清宫里从此，再也看不见几大辅臣的身影。
康熙最终没有杀鳌拜，因为青格儿，也因为鳌拜在被抓前已用行动证明，他真的没有叛逆之心，他一心想的只有大清江山社稷的千秋万代，更何况鳌拜为了不牵连青格儿，说出青格儿的身世。康熙要鳌拜放心，他一定会善待青格儿，但青格儿却失踪了……
对于纳兰性德和曹寅此次立下的巨大功劳，康熙极为感激。康熙郑重书写密旨两份，密旨上说，今后不管他们说什么话，干什么事，皇帝将永远不会降罪于他们……
就这样，康熙这个少年皇帝跌跌撞撞的开始了自己政治生涯，也在君权与人性的挣扎中开始了自己扭曲的爱情……
在孝庄的建议下，康熙重用索额图和明珠。之后，康熙开始了他的统一大业，平定三藩，收复台湾，博学鸿儒，从而在根本上建立起大一统的封建王朝……
然而，面对惠儿和青格儿，康熙和纳兰之间的君臣之礼，兄弟之情反复受着煎熬与折磨，是君，是臣，是爱，是恨，让康熙和纳兰都陷入了两难境地……