唐僧师徒西天取经回到长安，大唐皇帝率满朝文武出城相迎，万民欢腾，热闹非凡，悟空、八戒大开眼界，手舞足蹈。
不料五百年后，天摇地动，魔头无天突然降临，佛祖圆寂，三界大乱。无天众妖宣称：三十三年后佛祖还会借助转世灵童的法身托生，依仗十七颗舍利子夺天地造化，法力无边；若要永久占领天庭统治世界，必须利用孙悟空打到十七颗舍利子，杀死转世灵童。 被无天押在冥界的唐僧。识透无天的野心和阴谋，深知只有悟空才能消灾解难，便念起紧箍咒。正在花果山与八戒闲聊的悟空得知师父有难，立即驾云出山，一路上但见林木萧索，人迹稀罕，顿觉大事不妙，经燃灯佛祖点化，方知三界正在面临一场浩劫。 转世灵童乔灵儿已经长成一个丰神俊秀的年轻人，这天正在农家祝寿庆喜，突然闯进一伙女匪，要将灵儿劫持上山。灵儿当场斥责她们的强盗行径，匪首白莲花大怒，将灵儿押回山寨，断水断食，灵儿宁死不屈，莲花反倒深受感动，直抒自己的爱慕之情，奄奄一息的灵儿含笑死去，被一只巨鹰将尸身叼走。
悟空和八戒来到双塔寺，寺院突然坍塌，悟空在废墟中捡到一颗舍利子，被俯冲下来的巨鹰夺走，悟空与八戒追到凤头山，只见灵儿口中正含着那颗舍利子苏醒过来。 无天得知悟空找到转世灵童，即命黑袍护法带二金刚前去抢夺，唐僧又气又急，纵身跃出轮回隧道，途遇哪吒，二人同去寻找悟空。 悟空与八戒将灵儿带回花果山，黑袍现出百丈蟒原身将山围定，适逢唐僧领哪吒赶来，哪吒现出三头六臂将二金刚击毙。黑袍带伤跑回灵山报信，无天下令各路妖魔一齐出动，企图夺回灵童。
唐僧师徒将灵儿转到蓬莱仙岛，交碧游仙子看护。碧游与灵儿相处十分融洽，终于向灵儿吐露衷肠。灵儿对她虽有朦胧爱意，但却难忘莲花，无奈离开蓬莱在世间四处飘泊，不幸被黑袍所获。无天使用黑莲圣火煅杀灵儿，竟无法伤其分毫，方知必须得到十七颗舍利子才能得逞，于是令黑袍务必在三十三天内将十七颗舍利子全部找到。 悟空等历尽千辛万苦找到十六颗舍利子，不慎误中黑袍埋伏，急将舍利子一口吞下。无天将悟空置于沸鼎之内，意欲用圣火炼出舍利子，八戒击杀拦路的怪兽救出悟空，唐僧师徒汇合，与无天展开一场生死决战。
距离如来返回只有一个时辰，众圣虽奋力拼搏，仍难取胜。悟空得知自己就是制服无天的第十七颗无骨舍利子时，毅然跳入火海，化为一颗斗大的舍利子向无天击去，巨响声中，无天身形化作纸鸢飞逝，如来现出金身得返佛界，悟空打坐莲台含笑合十异常安详。