“干将莫邪”是春秋时期铸剑大师干将、莫邪夫妇呕心沥血、用生命和旷世爱情冶铸而成的神剑。铸剑之时因为炉中那采自五山六合的金铁之精过了六个月还不能熔化，莫邪于是以身投炉，“烁身以成剑”。为了纪念莫邪，干将铸成了一雌一雄双剑。他将雄剑献给吴王，可吴王却逼问雌剑，被兵士包围的干将绝望地问匣中的雌剑：莫邪莫邪，我们怎样才能不分离？匣中宝剑倏忽间化作一阵清烟，带走了干将。从此，干将莫邪和那对神剑就消失在尘世之间，再也没有露面。
千百年来，无数的人们寻找着“干将莫神剑”的踪迹……
1000年后，正值中国大分裂时期，汉族正统政权东晋在匈奴等少数民族政权的合围逼迫之下，被迫偏安江南一隅，年轻美貌的太后带着不足十岁的小皇帝苦苦支撑着局面。
得道高人赤松道长算出了岌岌可危的东晋政权将有一场巨大浩劫。要化解这场浩劫，除非有一场天意注定的姻缘，在某一天意注定的挚情瞬间，激活那对潜伏了千年之久干将莫邪神剑的神力……
金华的民间神医黄初平和他的恋人柳一夕就这样走进了历史。一次偶然事件中黄初平破坏了曹太尉针对太后的暗杀计划，并且救下了危境中的太后；而柳一夕由于某种与生俱来的灵性，不停地胡闹撒泼的小皇帝只有见到她才能安静下来。一夕因而被恼羞成怒的曹太尉掳走，献到宫里。
黄初平因而走上了寻找、挽救柳一夕之路。
因为小皇帝对柳一夕的喜爱，曹太尉与后赵派来的道士释空尘相互勾结，用巫术邪药控制了柳一夕的心智，试图通过她控制小皇帝达到他们的目的。超凡脱俗的柳一夕从此心神大变，好像被邪恶附体，一时变得凶戾无比，面对黄初平的双眸才偶尔会显露一丝凄苦的神色。这表明她的纯良的天性正在痛苦地与邪恶力量作着激烈的较量。
在挽救柳一夕的过程中，黄初平被卷入了一场场阴谋之中，凭着他天性中的赤诚和天赋异禀，黄初平拉开了他乱世之中造福于民的人生序幕。渐渐地，黄初平成为了焦点，几方力量的较量，阴谋成败的焦点，全都系于一身。
最终，在赤松道长的点拨下，在王羲之俊秀飘逸书法的熏陶之下，黄初平完成了天意赋予的使命。
在这过程中，青梅竹马的恋人柳一夕，因为上天安排的“缘份埙”而与黄初平结缘的王羲之义女慕容砚，都与黄初平书写了一段段风格迥异的爱情篇章。然而，黄初平对爱情执著无悔，他的所作所为只是为了挽救自己的恋人，全力抵御着世上的邪恶。
正是因为黄初平对爱情的这份执著，在局势无可挽救的瞬间，一夕潜意识的人性终于战胜了邪恶，在那一刻与黄初平的心血相融，而激发了传说中那柄上古神剑的神力：干将莫邪，挚情之神，双剑合璧，天下无敌！最终，黄初平与柳一夕完成了天意赋予的使命，消弭了这场大浩劫。而他自己也在这过程中经历了几番生死考验，经历了几番情感纠葛，最终悟出了自我生存的价值。他深切地体会到神剑虽利，但给世间带来的却是无休止的争夺和杀戮，只要干将莫邪存世，和平将永是期盼，于是他毅然藏剑而去，隐迹于山林，在道长的点化下叱石成羊、得道成仙。
人生的悲剧在于，这一对心心相印的恋人为了相聚历经艰辛，而当他们最终能够相聚之时，黄初平却经历着激烈的内心煎熬，因为他的心中装的不仅仅是两小无猜的柳一夕，同时也装着天下百姓，装着一个遍地羊群的祥和世界。