科考取仕，是中国封建社会制度下上千年来出人头地的唯一途径；一旦科考成功，便可进入官场，从此飞黄腾达，身价百倍。所以，古人将科考称之为"跃龙门"。
秀才伍思贤是江南的一名才子，为实现自己的抱负，与丁而戟、卓尚德、高珅四位同窗好友结拜为义兄，一并参加了三年一度的江南乡试，本以为登科十拿九稳，却万没想到竟会名落孙山，而中了第一的解元佟裕贵曾在科场作弊时被伍思贤看到，帮他作弊的是副主考赵晋。其他几位高中都大都是富商之子，他们资质平庸，却高中于榜首。不平则鸣，于是落榜学子们将财神抬进了贡院，并将贡院二字改成"卖完"，一时江南大哗！
被康熙赏识的"天下第一清官"张伯行被提擢为江苏巡抚，他乍一上任，便目睹了学子滋事，不知不觉却被人利用，卷入了科场案之中，只得放下手头正在调查的江南粮仓大营的一桩命案，而全力调查有关科场案的经过。不料一查之下，果有弊端，便与巡抚衙门的总捕头铁云一并展开侦查。
这时，康熙皇帝因为江南乡试无一弊端而御赐金匾，对江苏官府予以表彰，张伯行若查此案，则面临着极大的压力。掩护舞弊的副主考赵晋和江宁知府陈天立等人，不断对侦查进行干扰。张伯行设花厅茶会测试学子，由于老学政胡润暗中使了手脚，并无查出任何问题。两江总督噶礼为了面子，也希望张伯行大事化小，小事化无，把此事压下来。张伯行在查了一个阶段之后，深感阻碍重重，力不从心，于是便上奏皇帝，陈明事实，请派钦差。
秦淮才女谢小玉素喜欢女扮男装，与伍思贤等那班才子们来往。她的母亲因守寡贞洁，操守出众而被皇上御赐贞洁牌坊。她的弟弟谢大光也是此次乡试的中举者，可她却怀疑是母亲暗中给掮客李奇使了银子，才使小弟高中的。伍思贤曾因为给谢大光辅导过功课而常去谢府，便与谢小玉有了密切来往。二人彼此有意，可却恪守礼教而不敢越雷池一步。
康熙皇帝接到张伯行的急奏十分震惊，老相爷张廷玉建议皇上从政治大局考虑而接受张伯行的建议，派钦差速奔江南查案，公正处理此案，而让南方的汉族士子归心于朝廷。老中堂明珠却劝说皇上压下张伯行的奏折，不理江南科场一案。康熙思之再三，决定不惜撤回自己给江苏官府送去的金匾，派户部上书张鹏翮为钦差大臣，火速赴江南调查。
张鹏翮本与张伯行关系甚密，是他在任河道总督时发现了张伯行并向皇上举荐了他。张鹏翮与噶礼的私人关系也不错，所以他满怀信心地来到了江宁，紧锣密鼓地进了查案。审案进行得十分顺利，正当张鹏翮要对榜首八名举人重新复试之时，突然张鹏翮的儿子赶来，请求父亲救他。原来，其子由于私开粮仓赈灾，违犯朝廷大律，面临杀身之祸，把柄落于他人之手，成为交换条件，令其父不得再审理此案。张鹏翮为救爱子，只得将对榜首八举子的复试改为只公布部分考生的试卷，只处理了已查实作弊的富商子弟程光奎一人。
伍思贤因心情烦闷而与谢小玉一起饮酒，酒醉之后误以为自己已经与小玉有染，心情更加沉重。偶然的机会他得知谢母与李奇暗有来往，谢大光参与舞弊已是事实。本来伍思贤打算向钦差大人说出李奇，可为保谢小玉一家只得违心地保持沉默。
生员卓尚德生于贫寒之家，其母为了能让儿子下一回考中而不惜答应李奇给一位大户员外借腹生子。卓尚德得知后逼着母亲堕胎使其母大出血而死。这一刺激使卓尚德决定不惜出卖人格也要跃过龙门，于是他认贼作父，当上了李奇的干儿子，帮着李奇来坑害张伯行。
张伯行劝说张鹏翮无效，只得自己亲自再查此案。陈天立收集了张伯行的七大罪状，不断给他进行栽赃陷害。张伯行防不胜防，无奈之中得到江宁织造曹寅的指点，让张鹏翮远走福建，自己再次上奏康熙，请再派钦差。噶礼得知张伯行再次上奏并弹劾自己，于是让陈天立想办法压住张伯行送到驿站的急奏，自己恶人先告状，一份弹劾张伯行的急奏发往紫禁城。
噶礼弹劾张伯行的奏折使康熙十分恼怒，正要严厉处置之时，张廷玉劝说皇帝不要急于下结论，等张伯行的奏折来了再说。不久张伯行的奏折也送抵，康熙看了大惑不解--督、抚互参，各说各的理，使他一时难以弄清谁真谁假，谁对谁错，遂决定另选二位精明能干的钦差，再赴江南，查办此案。
这一回被选派的两位钦差是户部尚书穆和伦与工部尚书张廷枢，张廷玉送别钦差时暗示他--一定要保住张伯行。而穆和伦临行时也受了明珠妻子之托，让他关照其侄儿佟裕贵。
二位钦差到了江宁之后，大刀阔斧，雷厉风行，使科考弊案有了突破性的进展。突击测试的九名举人有四人不及格，而佟裕贵由于事先得到考题顺利过关。伍思贤为了保住谢小玉一家，宁可入狱坐牢也不肯说出实情。张伯行只得做谢小玉的工作，终于从谢小玉的嘴里得知李奇是贿案的牵线人，只要抓住他，便能破获此案。于是帮钦差智抓李奇，李奇交待出赵晋、陈天立等人。
二钦差以为大功告成，不再查科场之案，分头查噶礼与张伯行的问题。穆和伦查噶礼时只是应付差事，并不认真，不料另一个钦差张廷枢却真的查起张伯行来，狱中的李奇受噶礼师爷的唆使，故意给张伯行栽赃陷害。张廷枢不辨真假，一道密奏参到皇上那里。
张伯行认定江南科场案依然没有查清，坚持一查到底，但受到二钦差与噶礼的反对。张伯行不肯向他们屈服，决定冒身家性命的危险，与恶势力周旋到底，欲进京见见圣上讲明真相！噶礼闻之害怕，决定除掉张伯行，密派杀手鲁永前去行刺。张伯行的夫人为了保护丈夫而死。张伯行腿部负伤不能行动，只得在家养伤。谢小玉对张伯行心中有愧，主动前来照顾。
随之，关键的证人陈天立，无端死于狱中，造成死无对证的局面。加上伍思贤的父亲，因为忧心儿子，而死于心脏病。悲痛交集的伍思贤在狱中从李奇口中得知谢大光并不是靠行贿才考中的，更不愿让父亲白死，决定再次翻供。
康熙皇帝接到张廷枢的奏折十分生气，这时他布在江南的眼线曹寅一连送来三道密奏，将江宁的实情如实禀报。与此同时，康熙又接到张伯行奏折--科场舞弊只惩从犯，不惩首犯，难平江南人心；朝廷王法不惩枉法大吏，大清刑律实已名存实亡。我伯行革职事小，朝廷安危是大，请陛下再派贤臣重新审理。"康熙读后龙颜大怒，盛怒之下召回二钦差，命将所有案犯押至京城，他要御驾亲审此案。
噶礼为彻底打击张伯行，发动富商家眷，进行抬棺撒冥纸抗议，包围张府令其断炊；而百姓为声援清官，自动自发送来果菜，张伯行虽然艰苦，却之手下艺术青菜，一块豆腐，在场众人无不感动，民众对立情绪逐渐扩大！
噶礼为了让伍思贤彻底闭口，下令劫持了伍思贤的娘子秀敏，并切下秀敏的一根手指来威胁伍思贤。贾师爷奉噶礼之命前去给谢小玉提亲，实际上是要谢小玉给明珠做小妾，将谢小玉当成厚礼送给明珠。谢小玉为了帮助张伯行与伍思贤，假意答应了贾师爷，跟噶礼一同去了京城。
明珠因皇上亲自交代，会同六部九卿官员同审江南科场一案，他们揣摩圣意，将案有所有的漏洞全部堵上，然后将噶礼与张伯行二人一同解职问罪。噶礼无计可施情况下，出卖了明珠藏娇的金屋，故意让明珠的妻子逼他就范。伍思贤担心妻子遭伤害，再度承认自己是受张伯行的暗中指使而诬告佟裕贵。明珠判他"欺君之罪"，定下了斩立决，并当堂释放了佟裕贵，抓起了张伯行！
康熙万没想到--明珠与六九官员居然会搞出这么一个八面玲珑的杰作，他想亲审，但是伍思贤不肯改口，此案便成铁案，无法再审下去。康熙气得将判决书扔在地上，仰天叹道：荒唐，真荒唐！人和贼一起问罪，清廉的贪赃的一起惩办，天理何在，国法何容？
伍思贤的丫环春梅是位重情重义的女子，她冒死救出秀敏，然后与和秀敏母子一同上京告御状；谁料，半途遭卓尚德带着噶府恶奴追杀，秀敏只得投江，将救伍思贤的重任交给了春梅。春梅卖身葬主，怀带秀敏交给她的重要证物，到京城都察院滚钉板、告御状，终于感动了康熙，就在伍思贤要被开刀问斩的紧要关头，康熙及时制止了行刑，传旨六部九卿，他要在乾清宫亲自重审此案。
不料，伍思贤依然不肯说出实情，弄得康熙也十分尴尬，六九官员又不配合，有意保护噶礼，康熙审案也陷入僵局之中。正在尴尬之时，曹寅为康熙出谋画策，说只有请出在牢里的张伯行协助皇上审案，此案才能审下去。于是康熙派曹寅到天牢里去接张伯行，张伯行上堂后对伍思贤谎称他的妻儿都已救出平安无事，解除了他的后顾之忧。于是伍思贤将一切都说了出来，这时谢小玉也上堂，讲了噶礼如何利她贿赂明珠。康熙闻之大怒。
康熙当场宣布：江南的科场舞弊案审了两年，越审越荒唐，居然朝廷的要员惧怕贪官污吏，六部的大卿庇护懦弱的钦差，使黑白颠倒，忠良含冤。你们不伸张正义朕来伸张。于是下旨将所有作弊人员一律依法处决，总督噶礼犯有舞弊罪，当即革职，流放于西北；明珠虽未涉案，但其妻受贿，取消一品诰命妇人封号。巡抚张伯行对国家忠心赤胆，一身正气，继续留任，将来再行升赏；还给伍思贤解元的功名。并命刑部颁文通告全国。
就在将噶礼流放出京城之时，张伯行从贾师爷那里得知噶礼不久前将自己亲生的母亲毒杀的事实，于是禀报康熙，龙颜大怒，下令追回噶礼，凌迟处死。
一场审了两年的科场舞弊案，历经三起三落，牵动朝廷的几百名达官贵人，终于结束了。伍思贤本希望春梅和自己一道回家，照顾他的荣儿，怎料春梅已经卖身，而且嫁给一个傻子，令他不胜难过；而谢小玉本以为能从此追随张伯行，岂料张伯行却以"远女子与小人"为由不肯收留她。
伍思贤带着小儿再去看龙门，对跃龙门有了一番新的认识与见解……