1939年冬，盘踞在陕甘地区的土匪武装，发动叛乱。根据党中央和毛主席的指示，马专员带领八路军工作队去平叛。马专员赶到铺子村时，村庄一片火海，农协会成员汪娥娥丈夫阿宝被残酷杀害、汪娥娥被土匪强奸，马专员从火中救出汪娥娥孩子铁蛋，马上组织村民转移。延安警卫连长张志青奉命带领小分队前来接应马专员，马专员带领众乡亲进行了艰难困苦的转移。土匪韩少山等追赶紧迫，为不拖累大家，车大娘撞石身亡。国民党军队陈占山部派人前来接应马专员，马专员誓死不抛弃老百姓。为掩护群众转移，八路军战士赵直，被土匪抓住活活烧死，马专员悲痛欲绝。在支援部队的帮助下，八路军终于歼灭了土匪，打死匪首王老五，完成了转移群众的任务。
在平叛过程中，国民党陈占山部队错抓了一些被土匪裹挟的无辜农民。为解救这些农民，马专员在群众帮助下，调查取证。参谋长何朔干扰马专员办案，派人残酷殴打牛宽儿等人，让他们写下了自愿参加暴匪的招供书，威胁诱骗村民们做伪证，打死不听话的刘保命，追杀掩埋刘保命的赵德运，赵德运被迫逃走。马专员来找赵德运，救了重病在身的赵父。汪娥娥跟踪赵妻，发现了躲在山洞里的赵德运。赵德运在马专员感化下，说出了带土匪抓走无辜农民的实事真相。马专员与何朔进行了激烈的辩论，何朔百般狡辩，马专员拿出有力证据，赵德运和被殴致死的刘保命尸体的出现以及屈打成招者彻底翻供等，使何朔诡计败露。真相大白，陈占山十分愧疚。被裹挟农民得到释放，牛宽儿等人积极参加了八路军，张志青带领他们奔赴抗日前线。
马专员去延安汇报工作归来，遇到从延安来陇东法庭工作的大学生李春晓，二人成为知音。汪娥娥加入革命队伍，成为法庭工作人员。李春晓按马专员的要求，到村子里办农民学习识字班，讲解法律知识。马专员、石大洪、赵开等走出法庭，到村子里办案，改变几千年来沿袭的坐堂办案作风。张志青主动和上级请求回到法庭，他见到汪娥娥惊喜异常。
马专员接手一个国民党的法庭——这里仍沿用着旧衙门的那一套，封三厚告赌馆被吊打；陈兰兰告与丈夫离婚竟不予立案。陈兰兰丈夫为吸毒竟将女儿卖掉换大烟。马专员和汪娥娥救下绝望上吊的陈兰兰。张志青要去抄赌馆，被汪娥娥死死拦住。马专员深入调查，许多人讲述了赌馆和烟馆的种种祸害。为找到罪魁祸首，马专员和李春晓乔装改扮进入赌馆，彻底摸清了我边区政府内物资科长潘志国勾结国民党司法处长顾鹏飞进行贩毒和开设赌馆的内幕。马专员们当场揭穿赌馆坑人的诡计。顾鹏飞和潘志国被抓获，并查出许多烟土和金银首饰等赌资。依照边区法律，潘志国被执行了死刑，惩治了党内的腐败分子，陕甘地区开展了轰轰烈烈的戒烟戒赌运动。马专员带领乡亲们烧掉旧法庭的刑具，砸掉跪石，宣告与旧的司法制度决裂，群众拍手称快。
杨发云和王统一因土地归属问题发生纠纷，马专员进行了调查访问，丈量杨、王两家的土地，查看他们的原始地契和界石，了解到真实情况。马专员说服王统一了结上辈人的恩怨；群众大会上，杨王两家终于和解。
郭族长带领郭氏家族阻止李翠姑再嫁。张志青、汪娥娥调解未果。汪娥娥回来路上，被土匪抓走。张志青和马专员赶去相救。马专员开枪打死韩少山，救出汪娥娥。汪娥娥的举动感动了郭族长和郭氏家族，他们扭转了观念，同意翠姑再嫁。
在新婚姻法鼓舞下，刘巧儿要自己找婆家。刘巧儿对赵柱子说她已经和赵喜财退了婚，赵柱子说他就是赵喜财。刘巧儿拽赵柱子去找她爹说清楚要复婚。不料正遇到朱昌福给巧儿家送彩礼，赵柱子误会了刘巧儿，刘巧儿哭着走在河边。刘彦贵的彩礼钱被土匪劫走。刘彦贵绝望地喝了卤水。巧儿母女将他救起。巧儿父母跪着哀求刘巧儿嫁给朱昌福。刘巧儿无奈答应了。朱昌福娶亲路上，赵柱抢了花轿。刘巧儿为走新婚姻的路，找到马专员。马专员看到刘巧儿婚姻案是一起涉及到边区新的婚姻条例的案子，意义重大，便亲自从县裁判处翻阅案件。经过深入调查了解，多方听取群众意见，马专员终于重新宣判刘巧儿的案子，并借机宣传婚姻自主，反对封建买卖婚姻制度。奶奶庙前，宣判会开得十分精彩，群众踊跃发言，充分体现了马专员的审判方式。会上，两对亲人宣布结婚：刘巧儿与赵柱、翠姑与王来顺，马专员亲自给他们颁发了边区的结婚证。
抗战胜利，汪娥娥与张志青喜结良缘。敌人飞机轰炸，张志青受了伤。因张志青贫血，马专员卖血给张志青买补品，被也卖血给张志青看病的汪娥娥发现。
苏大娘跑到法院喊冤，说三个儿子都被冤枉了，马专员等非常重视，展开了深入细致的调查，查出了这起案件的主谋是孔县长的儿子孔达一所为。就在孔达一准备对孙秀莲杀人灭口之时，张志青和汪娥娥赶到了。
全国解放在即，刘部长找到马专员，让他争取陈占山部队和平起义。马专员派汪娥娥给陈占山送信。何朔收到胡宗南的密电，严防陈占山投敌。马专员拜访陈占山，说服他弃暗投明。何朔欲谋害陈占山，事情暴露，陈占山宣布起义。李春晓回到高等法院，马专员让她说服她的老师楚汉唐等一批西北大学的法学专家教授留下来，楚汉唐和众教授接受了马专员的建议，决定留下来为新中国司法建设做贡献。中华人民共和国成立，法庭所有人员伏在地上倾听礼炮声。在大气磅礴的安塞腰鼓中，马专员与大家共同欢庆共和国的成立。伴随新中国成立，汪娥娥生下孩子。李春晓被调回北京参加最高人民法院成立筹建工作。
最高人民法院成立，在陕甘高等法院的欢庆会上，汪娥娥宣读了给最高法院的贺信，马专员作了感人至深的发言，大家一起为新中国干杯……张志青病重中，听得两村百姓因饮水问题发生械斗，他奋不顾身前去阻止，在现场病情突然发作，被担架抬回。弥留之际，张志青戴上红军帽，听着汪娥娥唱着《兰花花》离去……
新中国成立后，马专员调任最高人民法院工作，在离开陕甘地区的这天，成百上千的老百姓为他送别，从山崖上垂下一条百丈条幅，上书“百姓青天”四字，马专员向他深深爱着的乡亲们庄严敬礼……