六条壬晴是个对周遭的人事物漠不关心的中学生。可是他的体内却隐藏着忍者的世界（也就是隐世），最强的秘术[森罗万象]。
为了夺取这种无与伦比的力量，源自伊贺忍者的[灰狼众]全体出动，誓言要将壬晴带回伊贺之里
另一方面壬晴的英语教师云平·帷·杜兰达与壬晴的同学虹一都是万天之里的忍者，他们的任务就是保护壬晴的安全。
一场[森罗万象]的争夺战将各方忍者卷入其中，壬晴若想恢复独善其身的生活，唯一的办法就是成为隐王！于是他被迫走进隐世，迎来向未知的挑战！
森罗万象：在忍者的世界“隐之世”中被称为能支配万物的秘术。没有什么人能知道它实际的形态。虽然有很多写着那个秘术的卷轴，但其实所有的数据都和壬晴的身体相溶合了。
五之里：指的是风魔、伊贺、甲贺、户隐、万天。在山阳的万天是最新从伊贺分出来的派系。五之里之间，有着一个互相不可侵犯的不成文的条例。但随着“森罗万象”的复活，各自都有着自己的考虑与立场，所以围绕着解开“森罗万象”之谜而开始了禁术之争。
灰狼忍：伊贺忍中的急进派。这一派由在外的身份是政治评论家的服部柊十郎带领。他们为了得到“森罗万象”究竟会使出些什么样的手段来，现在暂时还不明了。派中拥有使用禁术的宵风，并得到了五之里中其它里所保胡的禁术，开始实行将“森罗万象”从壬晴身体中硬行剥离的行动。