由东瀛将领犬若丸进行的开疆局，在中土达到成效。神鹤佐木最后被素还真唤醒，也加入中原阵线，但东瀛方面却动用最强的神风营，派出中将京极鬼彦，带领神风营大将发动全面性的侵略行动。在六祸苍龙、问天谴、神鹤佐木，全面抗衡下，素还真最后顺利逼退东瀛大军，并且拟定和平协议书，呈报东瀛天皇，终止了横跨三档的中日之战。换来了一段两国之间的和平。
东瀛方面，百世经纶一页书以中原和平为出发点，挑战军神，希望军神败北之后，可以停止攻略中原的行动。一页书两战军神，最后终於打败源武藏。而为了对朝政有所交代，莫召奴诈死，军神联合所有大臣，联名发动停战的书信上报天皇。军神辞去职务，跟莫召奴以及渊姬一同离开东瀛退隐去。无奈军神退隐，一直以军神为挑战目标的拳皇，以及毕身追求至强一招的剑圣，却同时失去动力，两人要把军神找出来。天皇最后下令，神风营必须有人挺身而出，於是举办比武大会，重新选出新任的军神。
万血邪籙开啟，第一根神州支柱的位置即将曝光，关係到神州存亡的四根神柱，素还真要如何找回其他消失已久的三本宝典挽回颓势？银鍠朱武又要如何开啟魔界的毁灭？暗藏在识界的黑暗势力，蠢蠢欲动，武林面临前所未有的末日之灾！