第五季一开始，Sydney和Vaughn的车被撞。当Sydney醒来时，她发现Vaughn已经被绑架了，并且有人追杀她。Sydney成功脱险后，从她父亲Jack口中得知：Vaughn被怀疑是双面间谍，而车祸只是他从APO脱身的一个计谋。Vaughn随后从绑架他的人处逃脱，并向Sydney解释他的真名叫Andre Michaux，他其实一直在调查一个叫'Prophet Five'――五先知的秘密行动，因为这个行动涉及到他的父亲。在一次盗取一本关于五先知的书的任务中，Sydney接到一个她的医生打来的电话，得到了她怀孕了的消息。正当Vaughn准备进一步调查他父亲的消息时，他被五先知行动执行者之一的Gordon Dean杀害了。四个月后，Sydney仍然在调查Vaughn被谋杀这一事件，并与Vaughn生前的知己，在CIA的通缉令中排名第8的Renée Rienne合作，誓要查明五先知行动的真相，并将Dean和他的犯罪组织――'The Shed'一起铲除。'The Shed'是一个和'SD-6'非常相似的组织，同样伪装成CIA的一个分部，让那些以为自己在服务国家的人从事着犯罪活动。