第一集：母女成仇（The Enemy Walks In） 西德妮向一名CIA精神病学家叙述了她最近的任务：在台北某地她被缚在一张椅子上，Khasinau介绍给她的“男人"，其实就是她的母亲Irina Derevko。Irina说自己本该一生下西德妮就把她弄死，并开枪打伤了她的肩膀，然后离去。西德妮在水阀上撞坏椅子得以逃生。 杰克救出了遭受毒打的威尔，西德妮与他会面讲述了经历，父女两人把他们的秘密和SD-6的真相告诉了受尽惊吓的威尔。杰克导演了一场戏，他告诉斯隆，是他向西德妮发出了“自由记者"信号，因为他不相信斯隆所说威尔的被绑架会让他们找到Khasinau。现在Khasinau的组织已被摧毁，杰克向斯隆表达忠诚，并说服他饶了威尔。迪克松也为自己的怀疑向西德妮道了歉。 斯隆派西德妮以Le Petite Rose的假名前往法国，在Khasinau的同党Jean Luc Rave办公室里安放电话窃听器，他还是法国国家集团的成员。西德妮把马歇尔的窃听器交给了特工威斯，他在上面动了手脚，可以延迟SD-6窃听到通话内容。 第二集：信任危机（Trust Me） 在Kendall的看管下，Irina被缚着送进了洛杉矶一处秘密手术室内。西德妮希望母亲为所作所为去死，但杰克怀疑Irina其实对西德妮真心实意。西德妮告诉沃恩她相信爱米莉是被斯隆所害。 已经成为12联盟正式成员的斯隆接受注射了一种神秘药剂。后来，他向西德妮承认，联盟知道Khasinau已经死了，并且相信Irina躲藏起来。他派西德妮去找一张电脑磁盘，里面包含有Irina用来敲诈的情报。碟盘存放在拉巴特酒店客房的一个保险箱中。西德妮的另一层任务就是要把碟盘交给拉巴特大使馆的秘密特工Richard Schmidt，他会伪造出一张假碟让西德妮交去SD-6，沃恩又说，西德妮也许可以问母亲碟片中的内容，但她拒绝了。 沃恩受到Kendall的压力，去和不合作的Irina谈话。沃恩提到西德妮的拉巴特任务时，她屈服了，说出西德妮在打开保险箱前必须先拉掉火警警铃。虽然不知她的话是真是假，沃恩还是迅速联络到了西德妮。后者化装成意大利游客，正准备打开保险箱，但她不愿听从指令，没有先拉警铃，结果拿取碟盘时警报响起，设法逃脱的她未能把碟片交给Schmid。 第三集：密码（Cipher） 西德妮得知，自己偷回的T波相机只是模型，亚洲空间代理处和他们的主顾Sark将制造出真正的相机。这种相机可以在斯里兰卡的一个地方穿透穿透固体屏障拍到100米远的地方。她的任务是给相机接入线路，这样SD-6就可以收到图像。中情局内，Kendall要西德妮和Irina谈话，因为Sark控制了她的组织，她一定知道他在找什么。同时，杰克告诉CIA精神专家，他不想让西德妮与Irina接近。 Irina告诉西德妮Sark在找寻Rambaldi设计的音乐盒，乐曲中蕴含着0点能源的数字方程式。西德妮断然拒绝与Irina谈论她的童年往事。杰克警告西德妮要当心Irina，但表示相信她的判断。 马歇尔给西德妮一个伪装成手提箱的水压撬，承受丧妻之痛的斯隆把爱米莉的种子箱交给了她。另外，沃恩给了她一块电路板用来装在相机上，他建议她找威尔帮忙，因为威尔一直与弗兰茜关在一起，可能会记得Sark启动音乐盒时的密码。 几人碰面后，威尔惊讶地得知沃恩这么年轻，并对他了解这么多他们的生活心生嫉妒。 第四集：致命血清（Dead Drop） 西德妮在水里挣扎着，从淹死的警卫身上摘下枪，隔着冰开了火，迪克松把她拽了出来。回到SD-6，她告诉斯隆，尽管Sark带走了音乐盒，但它已经遭到损坏。斯隆想知道Rambaldi为什么要把它放在冰里。 在CIA，Kendall拒绝了杰克送走Irina的要求。遇到西德妮后，杰克表示自己担心她们对话中流露出来的感情，他提醒说她内心想要一个母亲。 斯隆告诉杰克他接到了B&B打来的一个神秘电话，已派迪克松前去调查。SD-6从SarkFalkland岛上的保险库里拿到了音乐盒，他们发现一个名叫Klaus Richter的男子，因为接受了Sark注射的血清而病情严重。杰克讯问了Richter 后得知，他画了一张地图让Irina去寻找他藏在一个度假地的《圣经》，地图则藏在莫斯科军事图书馆里第一版《战争与和平》的书中。 为了阻止西德妮去见Irina，杰克给了她一张假地图，以便把SD-6引去Sunken森林。西德妮表示自己想从Irina那里得到足以令SD-6垮台的情报，从而结束自己的间谍生涯。 第五集：秘密武器（The Indicator） 西德妮在CIA陪审团面前作证，称杰克把她从Irina设下的陷阱中救了出来，在空无一人的房间里，她找到了Irina的耳环。 维也纳，SD-6在奥地利的联络人Neils Haber被Triad杀害，这是一个毒品和卖淫组织，现在开始从事贩卖军火。Haber称，Triad正在开发16个“下一代"武器，藏在布达佩斯的一个防弹工事中。西德妮奉SD-6之命拍下武器的照片，并弄到说明。沃恩不赞成再派杰克执行双重任务，他认为在马达加斯加的任务中杰克帮了Irina的忙，这让西德妮十分气愤。 弗兰茜的餐馆开张，杰克给西德妮布置了双重使命，侵入电脑为CIA偷取文件，同时为SD-6下载假文件。他告诉西德妮，Irina因为违背了与CIA的协议，面临死亡的惩处。一名美国公民Manolo Souza因为运送爆炸物在马达加斯加被捕，沃恩与他谈话，Souza告诉他自己为杰克工作，这证实了沃恩的怀疑。 布达佩思，头戴金色假发，戴着太阳镜的西德妮，混进了治官大楼，成功地下载了文件。但是迪克松领她进入防弹工事后，她才发现一个男人正在教授一群孩子如何装配枪枝，原来秘密武器就是这些孩子。 第六集：救母（Salvation） Irina受审的日子临近，斯隆告知西德妮，Richter感染的是Sark研制的类似埃博拉的病毒。Sark正在日内瓦的私人医院，研究三位受感染病人的病情。杰克和西德妮要乔装成富有的南方病人和女儿，混进医院了解他的研究内容。 杰克向西德妮解释说自己不想让她成为间谍，用圣诞方案对她进行测试只是为了让她在危险环境中能够坚强起来，但是斯隆比他快了一步，西德妮对此将信将疑。 Irina承认有罪，被判处三天内执行死刑，西德妮大为愤慨，为了取消对Irina的处决，她给Devlin写信，声称杰克欺骗了CIA。沃恩向Devlin解释说，他发现了苏联80年代起开始了与美国一样的标准测试，他认为是Irina从杰克那里偷到研究，在美国可能有苏联的恐怖小组，Devlin