隋朝末年，天下大乱。各路诸侯，自立为王，硝烟不断，百姓遭殃。十三个平民百姓虽然出身不同，但都被乱世所害逼入绝境。经历了无数的腥风血雨，他们怀着家仇国恨，循入空门。但是黑暗势力依然不放过他们，死亡当头，他们为求自保，苦练武功。为了天下太平，这十三个和尚救护明君李世民，灭掉了凶残的王世充，演出了一曲英雄壮歌。
洛阳。太尉“王世充”野心勃勃企图篡位夺权，胁幼主“杨侗”，屠杀异己。他感到天下武林人士是他极大威胁，便下达“禁武令”；其侄子“王仁则”、义子“王仁义”武功高超，充当犬鹰。短短的一个月内，洛阳地区的武林门派如：神剑山庄、白猿圣手、霸王枪、龙爪派、银钩门等等，几乎被扫除殆尽！最后的箭头，指向与世无争，红尘不到的方外净地“少林寺”。
昙宗，是少林寺的武术总教头，武功冠绝武林，王世充为收归己用，命王仁则送请帖上少林，强邀昙宗前来，并设下“板凳阵”、“内功”、“机关”和“蒺藜阵”重重考验，欲聘之为府中“首席教头”；无奈昙宗一心向佛，淡薄名利，婉言谢绝。但王世充并不放过，他将自己八年前，谋害江都督造“张衡”一家的灭门血案，嫁祸给了昙宗；致使张衡的长子“张天保”，背负可怕的暗器箱，夜闯少林寺，暗放毒蛇、三番两次，要置昙宗于死地！他还买通卖艺人“佟锐”、“佟铃”兄妹，设下夺命陷阱欲害昙宗……
为了充填自己的金库，王世充又假公济私，抄了洛阳首富“高达”一家，杀掉高家36口人，吞没所有产业，唯独高家的浪荡公子 “高飞扬”侥幸逃过一死。为了报仇，高飞扬深山学艺。面对王世充的无情追杀，慌不择路的高飞杨闯入魏王“李密”的军营，结识憨厚的大块头“九斤”和一代袅雄程咬金。没想到李密又投向了王世充。高飞扬随“程咬金”、“秦琼”两位名将，以及九斤四个人，委曲求全，寄身于虎穴之中，危机环伺，他们随时可能送命……
佟锐、佟铃兄妹在洛阳城本以卖艺为生；怎知被性好渔色，蛮横的王仁则看中，处心积虑霸占佟玲，幸得朴实的农民“周锦福”相助，暂时躲过了一劫；佟玲和兄长失散，无依无靠，便住进周家，两人耳鬓厮磨，日久生情，论及婚嫁，却撞见了兄长。佟锐反对婚事，在这时候佟铃，再次被王仁则所掳，抵死不从，逼得她自杀身亡；王仁则的恶行，令佟锐、周锦福痛恨不已，两人武功虽然不济，却滋生报仇之心……
王世充疏于政事，听从江湖术士“桓法嗣”之言，残害忠良，欲夺权篡位；桓法嗣表面辅佐王世充，其实想加速其灭亡……
斯时，昙宗隐隐感觉到，烽烟四起，天下已经大乱，为了保寺济民，创立了“罗汉奇门棍阵”；此阵由“八卦”、“五行”组成，必须齐聚十三人。于是，昙宗边躲避王世充追杀，边寻觅可造之材，历尽艰险，收录农民周锦福、官宦子弟张天保、落魄大少高飞扬、江湖艺人佟锐、阴沉术士桓法嗣、嗜武如狂的“姚汉武”、憨直的马弁九斤、改邪归正的“王仁义”，以及少林寺的“僧丰”、“僧满”、“道广”、“智守”和昙宗本人组成了棍阵！
张天保与王世充的女儿王玉凤青梅竹马，自幼订有婚约。王世充为博得隋炀帝之宠，杀害了张衡一家。长子张天保侥幸逃脱。王世充却别有用心的留下弟弟张天永，并改其名为“王仁义”！……一场情人诀别、兄弟争斗更加残忍。让人刻骨铭心。
李世民为救民于水火，领兵讨伐洛阳城；王世充守城不出，两军隔河对峙！李世民为达目的，率秦琼、程咬金微服渡河刺探军情；不料被王仁义所擒。王仁义立下大功，野心勃勃，想先成为郑国驸马，再除去那王仁则，进而登上大位；最后，收拾王世充以报家仇！可惜事迹败露……
昙宗为了早日天下太平，便自告奋勇率领弟子，冒死潜入了洛阳城营救李世民；他们师徒十三人，冲进固若金汤的天牢，里面机关遍布，处处要命……昙宗请缨率领弟子们，施展少林绝技，攀越城头来到王宫劝王世充放下屠刀，立地成佛。王世充执迷不悟，命大队的禁军狙杀……好一场恶战。历史证明。没有十三棍僧就没有大唐王朝。
唐军获得空前胜利，李世民封昙宗为“大将军”，请他与十二僧随之征讨！昙宗清心寡欲，不愿为官，他情愿回少林寺，重整寺院，振兴少林武学，其高超的情节，不仅受李世民钦佩，也令世人永远景仰！
血战土匪
少林寺山下发生和尚抢劫杀人的案件，左县令认为是少林寺僧人所为，并将此案交给方丈调查。原来打家劫舍的“僧人”是山里的土匪假扮，土匪中武功高强的“眉心痣”设计了方丈和惠忍，却给少林弟子机会重创土匪。土匪头老妖子在混乱中逃脱，少林弟子却被赶来的左县令捉拿。左县令处理案件时的诸多漏洞让少林弟子心生怀疑，五位弟子根据疑点抽丝剥茧，调查后发现左县令是老妖子的侄子，因此一直为他包庇罪行。老妖子对少林寺怀恨在心，方丈希望能感化他，但老妖子冥顽不灵，终于引火自焚。
争夺袈裟
假和尚邺城做恶，只为引出达摩袈裟。方丈的师兄道恒为了抢夺袈裟而把方丈出卖给皇帝高洋，方丈的身世遂被揭示。高洋当政昏庸无道，被道恒利用，也想得到袈裟。方丈答应在刑场上交付袈裟，高洋却自食恶果，毒发而痛苦不堪。方丈之女惜月欲手刃仇人，却被父亲劝阻感悟，终于放下心中仇恨。
寻宝剑
佛祖闭眼，不详的氛围笼罩少林，人心惶惶。方丈明白少林即将卷入乱世纷争，武林大会四位护剑长老写信请求少林僧人出战武林大会，以免宝剑落入贼手。寻剑时，北齐军队与北周开战，少林弟子倾力保护百姓，并结识犹如人中龙凤的杨坚，引为莫逆之交。在武林人士争夺宝剑的时候，大弟子惠橼为保护怀孕母鹿的安全，竟然以自己鲜血润剑，这一慈悲之举让在场众人都自叹弗如。而方丈却在拿到宝剑后将之投入山崖，并以“没什么物什比德行珍贵”之理点化众人。
公主之恋
北周公主宇文贺来少林寺寻找惠忍，道出和惠忍相恋不得相守的过往。公主未婚夫尉迟佑追随公主而来，要求与惠忍一战，惠忍战败。公主伤心离去，被叛军劫持，惠忍与师兄弟前去救援。平定叛乱，护驾成功后，周武帝让惠忍在百姓安危与儿女私情间抉择，惠忍最终决定成全大爱牺牲小爱，忍痛送公主远嫁。
王子复仇
惠石的魏太子身份公诸于世，不得已担下复国重任。却因此造成身边亲人朋友相继辞世。一将功成万骨枯的现实让惠石不忍。除去暴君后，惠石随方丈回寺，静心侍佛。
经历了重重劫难的少林寺终于又回复了往日的平静，方丈在弟子的陪同下重回少林。贪、欲、嗔、痴，凡夫俗子画地为牢，看得见，跳不出。佛光普渡，有时候懂得放下和舍弃，而不是过分执着于得到，生活才会更美好。