1949年10月1日，毛泽东主席向全世界庄严宣布：“中华人民共和国成立了！” 猎鹰1949剧照
在这历史的强音激荡下，解放军迅速挥师南下，兵锋直指重庆，随着解放的脚步渐渐临近，一场没有硝烟的战争却刚刚开始……
国民党残余势力不甘就此失败，派遣特务潜伏于刚刚解放的大西南。代号为“老板”的大特务头子严森，奉毛人凤之命，率三千余名武装特务潜伏在重庆地下，执行一项绝密计划，代号为——“猎鹰”。这个计划的内容高度保密，只有老板一人知道。
与此同时，我四野特纵特务营夜袭四川彭水县城，在敌师部所在的小楼内，遭遇了一支由军统特工组成的神秘小分队的的阻击，特务营营长燕双鹰只身闯入楼内，消灭了狙击手，击毙了这支神密小分队的头目——军统少将程汤，救出了被程汤挟持的军械专家赵雅琴。从程汤随身携带的文件中查知，他到重庆的目的，首先是要利用野司首长接见重庆代表的机会，在沙坪坝大礼堂策划刺杀行动；第二，便是协助老板完成猎鹰计划。
为彻底粉碎敌人的阴谋，燕双鹰临危受命，化装程汤，打入敌人内部，他与二野情报处处长李延平紧密配合，精心策划了利用沙坪坝大礼堂的假刺杀取得敌人信任，从而接近老板，摸清猎鹰计划具体内容，进而将潜伏在重庆的敌特一网打尽的行动计划，代号为“风雷”。
经过各路敌特的多方考验，燕双鹰终于取得了大特务头子“老板”的信任，命他负责沙坪坝大礼堂的刺杀行动，就在此时，意外发生了！老板派往彭水调查的特务张保之回来密报，程汤已被共军击毙。
风云突变！老板立即断定，燕双鹰是假程汤，是共军派来的卧底。他派遣特务杀死了燕双鹰随行的战友，并设下圈套诱杀燕双鹰。就在这万分危急的关头，卧底在敌特内部的地下党五号情报员，提前将消息传递给燕双鹰，这才使燕双鹰杀出生天。本来，身份已露的燕双鹰应该放弃计划，然而倔强的性格和战友的牺牲，令他下定决心要绝处逢生。他与赵雅琴说服了老板手下的女特务林玉仙，三人共同完成了沙坪坝大礼堂的刺杀计划，在二野情报处长李延平的配合下，这一假刺杀行动非常逼真，致令老板对自己的判断产生了怀疑，与此同时，燕双鹰趁热打铁，以报复为名，利用自己非凡的智慧和超人的武功，接连杀死了老板手下十几名亲信特务头子，逼得老板不得不给已逃往台湾的军统大鳄毛人凤发电，请他出面与燕双鹰谈和。二人约定在宜宾见面，冰释前嫌。
燕双鹰力挽狂澜，风雷行动出现了转机。在去往宜宾的客轮上，燕双鹰意外的发现老板与九号码头的袍哥刘天龙进行秘密交易，直觉令他感到，此事定与猎鹰计划有关。他抓住线索跟踪追查，发现老板花重金聘请袍哥押运一批神秘的货物从东北到重庆，负责押运的人当中，还有几名日本人，曾经接触过这批货物的人，不是被杀死，便是感染了瘟疫。
燕双鹰、赵雅琴和林玉仙与袍哥组织内部一些有良知的成员通力合作，经过艰苦卓绝的追查，最终摸清，这批神秘的货竟然是日本731部队研制的霍乱病毒！而猎鹰计划，则是要将这些病毒在重庆市内传播，使市民们感染瘟疫，造成恐慌。
真相大白，燕双鹰与五号情报员李瑞山和二野情报处长李延平巧定计策，令老板率领的军统特务与刘天龙率领的码头袍哥自相残杀，最终，在宜宾城中的太平旅馆中将老板抓获。
就在大家庆祝胜利的时候，一件可怕的事情发生了……燕双鹰在搜查老板办公室时，发现了自己与上级联络使用的密电码！老板怎么会有我们的密电码！
燕双鹰当即得出了结论，风雷小组当中有内奸！与此同时，藏于宜宾军管会的霍乱病毒被抢、押运老板的天风号快船在江上被劫，老板逃脱。五号情报员李瑞山、二野情报处长李延平牺牲，重庆工委书记吴玉霞负伤，据她指认，劫船的歹徒正是燕双鹰！无独有偶，军管会主任王连顺指认，抢走病毒的也是燕双鹰！
此时的燕双鹰百口莫辩，从英雄到内奸竟是一步之差，他开始了逃亡之旅，他发誓要查清内奸，为死去的李延平和李瑞山报仇。而吴玉霞与军管会主任王连顺则是穷追不舍，老板一伙更是欲除之而后快！
燕双鹰身陷凶险的漩涡之中，袭击突如其来，身旁险象环生，然而，他凭借着对党的忠诚，凭借着智慧和勇敢，与敌人斗智斗勇，用实际行动令专案组组长吴玉霞渐渐对他产生了信任，继而相信了他的忠诚……随着假扮燕双鹰抢劫霍乱病毒、袭击快船的特务——黑狼露出了真面目，事情的真相也一点点浮出水面，潜藏在我军内部的内奸竟然是二野情报处长李延平！他并没有死，整个事件都是由他和老板一手策划的：原来，卧底在敌人内部的五号情报员李瑞山，一直是老板的眼中钉肉中刺，老板曾多次使用诡计，想要将他挖出，却都没有得逞，
五号一天不除，猎鹰计划便一天无法实施。于是，李延平想出一条毒计，首先，利用燕双鹰的能力将老板破获，这样，五号情报员自然便会跳出来，除掉五号情报员后再嫁祸给燕双鹰，将专案组的精力全部集中到燕双鹰身上，而他们，则可以顺利地执行猎鹰计划。
真相终于大白，最终，燕双鹰挖出了内奸李延平，消灭老板一伙，成功地阻止了猎鹰计划。然而，他挚爱的女人赵雅琴，却为此献出了生命。