《风云1949》讲述了1949年4月20日，国民党的南京政府拒绝在和平协议上签字，4月21日，毛泽东、朱德向中国人民解放军联合发布“向全国进军”的命令。千里长江战线硝烟弥漫、战火连天，4月22日，人民解放军占领南京。全国解放势如破竹，新中国如破晓的红日喷薄而出。 北平和平解放前夕，解放军某师参谋长冯天祥被任命为309办公室副主任。专门负责党中央和毛主席及民主人士的安全保卫工作，并协助中央准备建国事宜。与此同时，南京方面毛人凤任命老牌特工段云飞为新任北平站站长，命其找出中共中央和毛泽东住地具体位置，开展破坏刺杀活动。
开国大典正在紧张的筹备中，段云飞不断制造各种暗杀和破坏活动，制造紧张气氛，矛头直指冯天祥。冯天祥知道，不除掉段云飞，将会给开国大典埋下巨大隐患。
但军事情报接连泄露，而冯天祥决心查出隐藏在内部的特务。中共特工老李暴露被杀，蒋介石炸毁南苑机场，民间一度恐慌，冯天祥心急如焚。冯派干将林国生打入北平站内部，主动出击，成功瓦解段制造的北平暴动，缴获其电台，抓捕了段手下特务。李克农亲自电报毛人凤……
建国大典前夕：毛泽东、周恩来等分别会见民主人士……与此同时，姜希茂领导的党统二局也抓紧了破坏，制定了详细的暗杀名单，决定在天安门制造爆炸事件。
儿子被绑架，下属牺牲，冯天祥不顾一切冲进敌人的防线，与段云飞当面对峙，二人生死对决。段得知妻子非冯天祥所杀，段云飞举枪……
敌人的阴谋被摧垮了，开国大典在天安门如期举行。在毛泽东洪亮的嗓音下，五星红旗冉冉升起。