抗战时期，国民党高级将领吴克峰感于我党大义，投身革命阵营，并隐蔽在敌军内部工作，成为一名光荣的“卧底将军”。
吴克峰同乡军官姬少康，在乡时与侍女汪寒眉恋爱并致其产下一子。姬父作主将汪寒眉强行嫁于同乡侄辈吴克峰。吴家父母开通，愿意施恩收容，吴克峰却深感汪寒眉与姬少康有染，政治面目模糊，左右为难。恰逢山河沦陷，吴克峰痛别故乡，毅然踏上抗战征途，自此不问家事。 危城陷落前夕，婆母病故，寒眉寻夫报丧，迷失阵中，独子夭亡，幸被我新四军营救于危难。在我党的教育下，汪寒眉加入了革命工作，并被派入敌中统内部，成为一名优秀的我党特工。
抗战胜利后，蒋方全力进攻解放区，我党启动代号“密使一号”的吴克峰，命令他执行策反任务，瓦解敌军。出于工作需要，代号“密使二号”的汪寒眉也前往军中，专司协助吴克峰。已成为中统特务的姬少康，则被遣入部队执行反谍使命。三个有着深刻恩怨纠葛的同乡齐集沙场，在山雨欲来的时刻，各施身手，在复杂的感情羁绊中不忘剑拔弩张，展开了一幕幕险象环生的敌后谍报斗争。
吴克峰智盗城防图、秘毁城防设施、游说司令马淮安……一步步成功瓦解了敌军，策反了多数进步将士，但在姬少康和军统特派员林双木的步步紧逼下，也屡屡险象环生，几番涉险于暴露边缘。
出于单线联络的需要，汪寒眉长期不知吴克峰身份，吴克峰情知对汪寒眉所欠甚巨，却无法当面致歉，二人在秘密工作上珠联璧合，情感上却恩怨交集。当终于胜利在望，倾诉衷肠之机近在眼前，却已到生离死别之时，包括汪寒眉在内的众多战友以惨烈的牺牲，换来了任务的成功。吴克峰痛别战友，只身前往南京，准备接受更艰苦的考验。
抗战胜利，全国人民期盼和平建国，蒋介石撕毁“和平协定”，下达剿匪令。中国命运大决战拉开帷幕。中共中央为争取国民党西北军起义，决定启用“密使一号”吴克峰，并派“密使二号”汪寒眉赴西北军协助工作。国民党军统局派处长嵇绍康赴西北军清查共产党间谍。吴、汪、嵇三人见面引起一段往事前缘。
10年前，淮河岸边美丽清纯的贫民女子汪秀眉迫于生计，被父母送到大户人家嵇家当佣女，专职伺候才从日本留学归来的嵇家大少爷嵇少康。嵇少康和她日久生情，开始了如胶似漆的热恋。汪秀眉怀孕后，嵇少康迫于大家族的压力违背了娶汪秀眉过门的誓言，汪秀眉被赶出嵇家。未婚先孕的汪秀眉被当成家里的耻辱，匆匆嫁给了狼嘴村的吴克峰。谁知道吴克峰得知汪秀眉未婚先育并且怀有逆子，他离家出走了。在吴家尽职尽责做好儿媳的汪秀眉生下儿子，以为可以暂且偷生，可是日本人的炮火肆虐，毁灭了整个吴家，也夺走了汪秀眉和嵇少康的儿子。大难不死的汪秀眉和吴克峰的弟弟吴克岭相继参加新四军，希望能一雪国耻家恨。
离家出走的吴克峰考入了保定军校，毕业后加入了冯玉祥的部队，并且和蒋经国一起被派往莫斯科中山大学学习，光荣地加入了中国共产党。回国后他没有回到苏区工作，而是带着组织上秘密的联系回到了冯玉祥的西北军。而此刻的嵇少康也从军校毕业，并且参加了军统培训，成为了军统特务，后被派往六十八集团军任情报处长。
参加新四军的汪秀眉在一次受伤后也被组织秘密派去国民党军校学习无线电报务，并成功的打入吴克峰所在的六十八集团军军部做报务员。
吴克峰的弟弟吴克岭改名吴辉，成为共产党一名优秀的谍报人员。嵇少康的妹妹嵇亚琪本是一个思想进步的青年，却因为中统特务的教唆，最后成为打入解放军内部的棋子，利用和吴辉的亲密关系传递大量情报给敌方。
卧底将军分集剧情介绍六十八集团军司令马淮安的千金马梦兰留英归来。疯狂的爱上了吴克峰，吴克峰希望发展马梦兰并进而影响马淮安达成策反大计，却又无法接受马梦兰的爱，马梦兰由爱生恨投入了嵇绍康的怀抱。
几个年轻人的命运，因为战争而纠缠在一起，前史的情感纠葛，如今的谍海沉浮，最终正义战胜了邪恶，可是各自感情的归宿又将何去何从?