蔡河横过宋都开封，每逢雨季皆有泛滥之忧，如今雨季来临又逢暴雨不断，终于溃堤成灾，灾民伤亡惨重震惊朝野，仁宗震怒，责令开封府与都水监协同彻查水灾成因，追究其间是否有人为问题。
都水监主簿杜平青年才俊，颇有胆识，向包拯禀明之所以会造成水患，皆因王公大臣富商巨贾为夸耀财富，于蔡河两岸竞相私建楼台水榭导致河道受阻，上游水位暴涨无处宣泄造成溃堤。
仁宗闻奏大怒，下旨命包拯负责拆除违建，如有阻挠者依抗旨之罪严惩不贷。有些不甘损失心存侥幸的权贵，想方设法意图规避拆除，威胁利诱甚至企图行刺主簿杜平，幸得展昭、艾虎及时保护逃过一劫，违建得以顺利拆除。
公孙策推断水患成因并不简单，于是暗中追查，发现溃堤之处竟是新建完成。包拯查明朝廷负责营造堤坝的将作监把工程发交民间承包，而承包商人偷工减料，才致使民众生命财产遭受重大损失，而罪魁祸首竟是杜平的舅父罗琼。
罗琼见东窗事发急忙安排他人顶罪，又命手下于猛杀害与他勾串的将作监判监事洪昌，且佯作畏罪自尽的模样，岂料包拯察觉有异，仍锲而不舍极力追查。罗琼深怕性命难保，央请杜平之父杜斌出面，通过庞太师将珍藏至宝珍珠衫献与庞贵妃，意图影响仁宗，阻止包拯继续追查。
杜斌本是工部尚书退休，在任期间即与妻舅罗琼勾结包揽朝廷重大工程，从中谋取暴利。工部侍郎佟林不愿同流合污又无力对抗，只好称病辞官。杜斌唯恐留下后患，趁佟林返乡途中杀之灭口，并故作仁义收养了佟林的幼子，那佟林遗孤即是如今的杜平。
一袭珍珠衫不仅间接地让包拯查明溃堤的主因，更查出一段昔日悬案，仁宗感叹之余命杜平认祖归宗，并派杜平赴佟林故乡任知县之职，珍珠衫物归原主重回佟家，全案至此终结。
枢密院掌管全国军事军务，枢密使狄青战功彪炳，朝廷破格以武将执掌枢密院。时逢朝廷武科大考，狄青亲自主考，该科武状元海铭仪表堂堂武艺出众，甚蒙狄青赏识。海铭到狄府谢师，却被狄青幼女狄茵阻拦。狄茵坚持要切磋武功，海铭无奈只得出手将狄茵击败，狄茵不服犹想再战，被狄青赶来喝止，见女儿似已被海铭慑服有芳心暗许之意，狄青便起下了收海铭为婿之心。
展昭与狄青惺惺相惜成为忘年之交，狄青主考之时特邀展昭同观竞试，却被展昭看出海铭枪法隐隐有契丹武士的枪法特征。展昭将心中疑问回报包拯，包拯见事关重大，于是令公孙策设下反间之计，不料竟查出惊人内情。
原来海铭本是契丹勇士之后，幼年便被送入宋境以宋人身份成长，习武赴考的终极目的是为了日后两军交战之际临阵倒戈。包拯告知狄青海铭实为契丹奸细，狄青不肯相信，甚至对包拯、展昭恶言相向，直至包拯取得实证后方知险些铸成大错，狄青万分自责亲赴开封府负荆请罪，一场危机终得化解。
东邻日本国于大唐后期停止派遣使节再来中土，民间却与中国始终有密切往来。冷泉天皇继位后却将暗香公主送来与大宋和亲，显有恢复往来之意。仁宗原本不欲纳暗香为妃，掌管皇族内部事务的宗正寺却认为拒不纳妃于两国交好有碍，仁宗无奈只得封暗香为和妃。
暗香只身来宋朝，身边仅有老媪与侍女作伴。仁宗虽将她纳为和妃却不肯赴大和宫临幸，庞妃见和妃孤寂无靠乃经常与之往来，二人竟成宫中密友。庞妃不忍见和妃遭仁宗冷落，屡劝仁宗临幸大和宫，仁宗勉为其难终于前往，不料一见之下竟被迷住，从此频频前往大和宫，不久和妃怀上龙种，仁宗大悦厚加赏赐。
仁宗久未至珠晟宫，庞妃饱受冷落却未迁怒和妃，仍与和妃往来，未料和妃突然流产且种种迹象均显示乃庞妃所为，皇室宗亲为之哗然，督请仁宗废除庞妃以正后宫。仁宗念旧情心生不忍却难驳众议，只得将庞妃限居珠晟宫静候发落。
庞太师闻讯深恐就此失势，情急之下央请包拯设法查明真相，还庞妃清白。包拯在仁宗默许下展开调查，令艾虎改扮女官入住珠晟宫观察动静，展昭原本即有宫内行走之权从旁暗中查访，终于揭穿和妃等人奉日本当权外戚藤原家族之意来宋，意图怀仁宗之子篡大宋江山。仁宗方知遭媚术所迷，还庞妃清白，并令包拯将和妃依法处以极刑，一场宫闱风波方得平息。
仁宗幼时因狸猫换太子一案由八王爷留在府中抚养，八王爷之子赵祥对仁宗一向呵护有加，情同一母所生，如今仁宗登坐大宋皇位，赵祥则仅为四品宗正寺卿，不禁大为不满，认为若是当年父王将自己送入宫中替代仁宗，则早已握有大宋天下。妒极生恨的他设计一连串毒计，逐一陷害艾虎、公孙策、展昭，更令仁宗误判下旨险些错杀包拯，幸而八王爷大义灭亲揭穿赵祥阴谋，未令皇室内斗成为朝廷浩劫。