《金枝欲孽》是无线的第一部“女人戏”， 汇聚了张可颐、佘诗曼、黎姿、邓萃雯四大无线花旦。主要讲述的是清宫后宫佳丽为了争当皇后勾心斗角的故事。四位女主角在剧中使尽尔虞我诈的手段，全力演绎“阴谋与谎言”，让人看得“惊心动魄”，精彩刺激程度空前，引得巨星周润发都成了该剧的忠实影迷。
清嘉庆十五年，上承康、雍、干三代盛世丰绩，再加恶吏和珅已诛，朝野内外一片升平景象。然而，皇帝的后宫中，千百年来，仍是一片了无休止的争斗光景，比诸于政坛上男人们的角逐，更见动魄惊心，血肉模糊。
此间，六宫之首虽为皇后钮钴禄氏，但得宠当道者，实为另一钮钴禄氏如妃。时值三年一届选秀入宫，秀女玉莹为贵族之后，姿色过人，遂成为同届佳丽针对对象。另有秀女尔淳，实乃内务府徐万田所策动，话说昔日和珅贪污成风，牵动朝野上下，万田亦为个中好者，十数年前嘉庆怒斩和珅，万田胆颤心惊，只怕追溯株连，想出以美色保命之计，十年内自民间收养姿色卓越之稚女，加以声色艺训练，以其它朝一登龙门，代为美言，但因六宫中派系林立，敌我难辨，万田唯有隐密行事。
另有宫女苏完尼瓜尔佳.安茜，年将廿五，一心期盼届满出宫，好与祖母团聚，只因天生一副正直心肠，目睹如妃对秀女玉莹多番欺负，心感不值，若非为怕连累，宫女安茜早已仗义出手相扶。
御医孙白扬与父孙清华五代仕为太医院中人，可是父子二人早年因误会而闹翻，至令同门而不共住，同事而不共欢。而儿子白扬为人风趣，体贴女人心思，频被后宫女主召唤会诊，实质深闺寂寞，以求雄斗斗真汉子一言半语来作安慰。白扬处事小心，未有违伦常下，奔走于后宫脂粉丛中，游刃有余。
此时，市井贫农孔武，因缘际会，时来风送，得进禁宫为差役，与御医白扬不打不相识，另亦因此而与宫女安茜结下不解情缘。其时，正是如妃把应届秀女众人，于股掌中把弄个不亦乐乎之时，满以为已将众人驯服旗下，御医白扬却意外洞悉秀女玉莹实非胸无城府之辈。玉莹虽为贵族之后，但因为庶室所出，家中地位倍不如人，亦因此学懂妻妾成群中，脱颖而出之道，初是装作愚鲁，以求如妃放下戒心收归门下，可是被尔淳陷害，遭如妃摒弃，此时，万田渔人得利，亦借此良机插赃嫁祸，令如妃失宠，被皇帝冷落，尔淳亦乘时而起，受封贵人，得蒙帝宠。
玉莹被冷待期间，宫女安茜不离不弃侍候在旁，眼见如妃失势，玉莹再得皇后怜惜，一心准备年满离宫，与家人团聚，谁料祖母上京探访，不幸堕崖而亡，安茜一时间顿失所依，幸孔武在旁劝道开解，安茜终找到一生所依。不过又好事多磨，安茜意外得悉祖母之死并非意外，而是皇后所为，终决定放弃爱情，矢志报仇，一心接近皇帝以助其势。果如所料，皇帝得见安茜，垂涎美色，终又策封为嫔，至此众人误以为安茜心思早变，已不甘一世为他人作嫁衣，并不知安茜苦衷。惟此举令孔武伤心不已，亦令玉莹与安茜主仆反目。
而如妃地位下放，人情冷暖，最后竟只得孔武以德报怨，处处相扶，孔武亦从中明白如妃本性并非恶毒之徒，一切只因人在江湖，为求生存，亦得随波逐流。
玉莹心有不甘，为了自安茜手中夺回皇上宠爱，不惜一切誓与安茜一争长短。相反地，尔淳因万田突然暴毙而失却人生目标所依，最后在白扬劝慰下，明白要重拾个人幸福，竟相求白扬助力，意图逃出紫禁城。一时间，白扬被两女子左右为难。